shRNA発現用基本ベクター/アデノウイルスベクターに乗せ替え可能

pBAsiベクターシリーズ

メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
TKR 3220 3220 pBAsi-hH1 DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥34,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3221 3221 pBAsi-hU6 DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥34,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3222 3222 pBAsi-mU6 DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥34,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3223 3223 pBAsi-hH1 Pur DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3224 3224 pBAsi-hU6 Pur DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3225 3225 pBAsi-mU6 Pur DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3226 3226 pBAsi-hH1 Neo DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3227 3227 pBAsi-hU6 Neo DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報
TKR 3228 3228 pBAsi-mU6 Neo DNA
  • バルクなど特別対応可能
20 μg ¥37,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

pBAsiシリーズは、RNA polymerase III (pol III)系のプロモーターを搭載したsiRNA発現用プラスミドベクターである。
pol III系のプロモーターの下流にヘアピン型RNAを発現させるための合成DNA配列を挿入し、siRNA発現プラスミドを作製する。得られたプラスミドは細胞に導入して、RNAi実験に使用することができる。(図1)
製品コード 3223~3228には、ネオマイシン耐性遺伝子またはピューロマイシン耐性遺伝子が搭載されているため、薬剤による導入細胞の選択が可能である。
また、「プロモーター+ヘアピン型RNA配列」を切り出して、容易にアデノウイルスベクターに乗せ換えることも可能である。組換えアデノウイルスの作製に関してはAdenovirus Dual Expression Kit(製品コード 6170)を利用できる。
ヘアピン型RNA発現ベクター
図1 ヘアピン型RNA発現ベクター

保存

-20℃

制限酵素地図

pBAsiベクターシリーズではプロモーターの異なる3種のプラスミドベクターを用意している。
pBAsi-hH1 DNA:human H1 promoter (Accession No.S68670)を搭載。
pBAsi-hU6 DNA:human U6 promoter (Accession No.X07425)を搭載。
pBAsi-mU6 DNA:mouse U6 promoter (Accession No.X06980)を搭載。
pBAsiベクターシリーズの制限酵素地図
pBAsi薬剤耐性ベクターシリーズの制限酵素地図

図2 pBAsiベクターシリーズの制限酵素地図

各ベクターのDNAシーケンスデータ

ヘアピン型RNAを発現させるためのDNA合成

ヘアピン型RNAを発現させるためには、[Ligation用の制限酵素サイト+標的配列(センス)+ループ配列+標的配列(アンチセンス)+ターミネーター配列+Ligation用の制限酵素サイト]の順でデザインした合成DNAをプロモーターの下流に挿入する。pBAsiベクターのクローニングサイトは、ネオマイシン耐性およびピューロマイシン耐性の場合、上流側はBamH I、下流側はXba I、Sse8387 I、Hind IIIのいずれかを使用できる。薬剤耐性遺伝子を含まないpBAsiベクターの場合、上記のサイトに加えて、下流にSal I、Acc I、Hinc II、Pst I、Sph Iも使用できる。
例えば、BamH I、Hind IIIに挿入する場合には、下図に示すような合成オリゴDNAを作製する(Top strandとBottom strandの2本; N部分が標的配列)。pol III系プロモーターの転写開始点はプリン塩基(GまたはA)が好ましいため、標的配列がGまたはAで始まらない場合は標的配列の前にGまたはAを挿入する。
ここではループ配列の例としてCTGTGAAGCCACAGATGGG(Boden et al. 参考文献 1)を挙げているが、GTGTGCTGTCC(Miyagishi et al. 参考文献 2)も有用であることが確認されている。また、これ以外のヘアピンループとして、Lee et al.(参考文献 3)、Paddison et al. (参考文献 4)、Paul et al.(参考文献 5)、Sui et al. (参考文献 6)らによってそれぞれ異なった配列が報告されている。
ターミネーター配列には、TTTTTT配列を用いる(Tが4つ続くとpol III系プロモーターによる転写が止まる)。siRNA配列と用いるヘアピンループ配列の組み合わせによってはTが4つ以上続く可能性があるため、合成DNAをデザインした後には必ず、Top strandにTが4つ以上続いていないことを確認することが必要である。

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