環境水などより微生物DNA、RNAを精製

NucleoMag® DNA/RNA Water

  • 環境水および大気サンプルをろ過したフィルターから微生物RNA、DNAの抽出
  • 還元剤は不使用、室温での操作。手動または自動化装置に対応
  • 精製した核酸はqPCR、RT-qPCR、NGSに使用可能
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
MNA 744220.1 U4220A NucleoMag® DNA/RNA Water
  • 取寄
  • 労働安全衛生法
  • 安全データシート(SDS)添付
96 well×1 ¥60,000
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 744220.4 U4220B NucleoMag® DNA/RNA Water
  • 取寄
  • 労働安全衛生法
  • 安全データシート(SDS)添付
96 well×4 ¥220,000
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 740786.50 U0786A NucleoSpin® Bead Tubes Type A
50回 ¥17,500
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 740799.50 U0799A NucleoSpin® Bead Tubes Type A 5mL
  • 取寄
50回 ¥17,500
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 740469 U0469A MN Bead Tube Holder
1個 ¥6,000
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 740459 U0459A MN Bead Tube Holder 5mL
  • 取寄
1個 ¥7,000
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 744900 U4900A NucleoMag® SEP
1個 ¥99,000
説明書・データシート・ベクター情報
MNA 744901 U4901A NucleoMag® SEP Mini
  • 取寄
1個 ¥36,500
MNA 744902 U4902A NucleoMag® SEP Maxi
  • 取寄
1個 ¥34,500
MNA 744903 U4903A NucleoMag® SEP 24
1個 ¥98,000

製品説明

NucleoMag DNA/RNA Waterは、濁度の高いものから透明なものまでさまざまな環境水サンプルや空気をろ過したフィルターから手動または自動化装置によりDNA、RNAまたはその両方を抽出するためのキットである。本製品は25 mmおよび47 mmフィルターやカートリッジフィルター(Sterivexなど)など、さまざまな材質、大きさのフィルターやろ過システムに対応している。本製品は、微生物のメタゲノミクス、環境微生物学、およびサンプル中の微生物量の測定による水質の研究に適している。
本製品で抽出したDNAを用いて大腸菌群、病原性微生物の直接検出や、遊離の水中微生物を含む全マイクロバイオームの解析を行うことができる。 また、サンプル中のDNAおよびRNAを同時抽出することにより、生存している微生物の量の決定が行え、遺伝子発現のレベルや殺菌処理の効率の推定も可能になる。
NucleoMag DNA/RNA Waterには磁性ビーズとバッファーが含まれている。本製品はさらにRNase、DNaseを使用することでDNA、RNAのみの抽出を行うことができ、また2種類のサイズのNucleoSpin Bead Tubes Type Aと組み合わせることにより、さまざまな大きさのフィルターに対応することが可能である。NucleoMag DNA/RNA Waterのプロトコールは手動の精製に加えて、自動化装置にも適しており、KingFisherやepMotionなどの磁気ビーズ精製に適した自動化プラットフォームに対応している。

原理磁性ビーズ法
形状高反応性超磁性ビーズ
操作手動または自動化装置
サンプル環境水、大気
サンプル量10~1,000 ml
溶出液量50~200 μl
精製時間40分(KingFisher Flex使用時)
(フィルター濾過とサンプル溶解後)
理論上の結合容量0.4 μg/μlビーズ
図1. さまざまな水や空気のサンプルからの効率的な核酸検出
さまざまな水および大気サンプルを濾過したフィルターより、NucleoMag DNA/RNA WaterでDNAを抽出した。抽出したDNAをqPCRにより分析したところ、すべてのサンプルで微生物DNAを効率的に検出することができた。

図2. さまざまなホモジナイズ装置との適合性
サンプルの破砕を、MN Bead Tube HolderとVortex-Genie2 deviceを組み合わせて行う方法と、撹拌式細胞粉砕装置(Retsch)を用いる方法の両方で行った。 どちらの処理方法を使用した場合でも同等の結果が得られた。
図3. さまざまなろ過システムとの適合性
さまざまな材質のフィルターおよび濾過カートリッジシステムを用いて回収された微生物試料より、NucleoMag DNA/RNA Waterを用いて核酸精製を行った。得られたDNAを用いてqPCRを行ったところ、同じ種類のフィルターからはほぼ同等のCt値となり、信頼性の高い結果が得られた。
図4. 自動化装置での核酸抽出
本製品は手動での操作の他、自動化装置でのワークフローも可能である。2種類の異なる水サンプルから2つの異なる自動化プラットフォーム(epMotion、KingFisher)を用いてNucleoMag DNA/RNA Waterで核酸精製を行い、qPCRによる解析を行った。どちらのシステムも同程度の結果が得られ、本製品は両方の自動化装置に適応していることが示された。

内容

・NucleoMag B-Beads
・Lysis Buffer MWA1
・Binding Buffer MWA2
・Wash Buffer MWA3
・Wash Buffer MWA4
・RNase-free H2O

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

磁気ビーズおよびチューブホルダー
・25 mm フィルターメンブレン使用の場合
 NucleoSpin Bead Tubes Type A(製品コード 740786.50)
 MN Bead Tube Holder(製品コード 740469)
・47 mm フィルターメンブレン使用の場合
 NucleoSpin Bead Tubes 5 mL Type A(製品コード 740799.50)
 MN Bead Tube Holder 5 mL(製品コード 740459)
※NucleoSpin Bead Tubesの使用には撹拌式細胞粉砕装置、もしくはMN Bead Tube Holderと対応するvortex mixerが必要です。

推奨細胞破砕装置
  • Vortex-Genie 2 (サイエンティフィックインダストリーズ社)+MN Bead Tube Holder(製品コード 740469)またはMN Bead Tube Holder 5 mL(製品コード 740459)
  • 撹拌式細胞破砕装置(Retsch社NM200など)

MN Bead Tube Holder
MN Bead Tube Holder(製品コード 740469)
この製品の使用方法はこちらをご覧ください。

マグネティックセパレーター
・NucleoMag SEP(製品コード 744900)
・NucleoMag SEP Mini(製品コード 744901)
・NucleoMag SEP Maxi(製品コード 744902)
・NucleoMagR SEP 24(製品コード 744903)など

磁気ビーズの分離用プレート
・Square-well Block(製品コード 740481/740481.24)
・24-Square-well Block U-bottom(製品コード 740448.4/.24)など

DNA回収のための溶出用プレート
・Elution Plate U-bottom(製品コード 740486.24)など

各種ろ過用フィルター(直径25 mm または 47 mm)
・ろ過装置(メンブレンホルダー、ろ過ビン、吸引ポンプなど)

DNA抽出の場合の RNase処理試薬(オプション)
・RNase A(製品コード 740505.30)

RNAの抽出の場合の DNase処理試薬(オプション)
・rDNase Set(製品コード 740963)
・Reaction Buffer for rDNase(製品コード 740834.60)

高濁度水サンプルからの抽出(オプションプロトコール)
・Buffer SL1(製品コード 740791.30), BufferSL3(製品コード 740793.50)マグネティックセパレーター
・NucleoMag SEP(製品コード 744900)
・NucleoMag SEP Mini(製品コード 744901)
・NucleoMag SEP Maxi(製品コード 744902)
・NucleoMagR SEP 24(製品コード 744903)など

KingFisherを使用する場合
・KingFisher 96 Accessory Kit A(製品コード 744950)
・KingFisher DUO Accessory Kit(製品コード 744952)

保存

室温

操作手順

用途

  • 環境水や大気をろ過したフィルターからの微生物DNA/RNAの抽出
  • 精製DNA/RNAはPCR、RT-qPCR、NGSなどに使用可能
NucleoMagはマッハライ・ナーゲル社の登録商標です。

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注意事項
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