SMARTer® NGS キーワード別論文リスト

RNAシーケンス

Developmental biology
Developmental biology
  1. L. He, et al., Analysis of the brain mural cell transcriptome. Sci. Rep. 6, 35108 (2016).
    脳微小血管由来周皮細胞(Pericyte)のトランスクリプトーム解析
    使用キット:SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian


Neurology
Neurology
  1. B. Y. H. Lam, et al., Heterogeneity of hypothalamic pro-opiomelanocortin-expressing neurons revealed by single-cell RNA sequencing. Mol. Metab. 6, 383-392 (2017).
    シングルセルRNA-seqによる視床下部のproopiomelanocortin発現ニューロンの異質性の解析
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing

  2. C. Sandor, et al., Transcriptomic profiling of purified patient-derived dopamine neurons identifies convergent perturbations and therapeutics for Parkinson’s disease. Hum. Mol. Genet. 26, 552-565 (2017).
    ドーパミンニューロンのトランスクリプトームプロファイリングによるパーキンソン病の収束摂動および治療法の研究
    使用キット:SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing

ゲノム編集
ゲノム編集
  1. A. Sakashita, et al., Stepwise approach to oocyte depletion in Sry mutated XY (2017).
    Sry変異XY雌マウスにおける卵母細胞枯渇の段階的アプローチ
    使用キット:SMARTer Ultra Low Input RNA Kit

Non-coding RNA
Non-coding RNA
  1. N. Hornstein, et al., Ligation-free ribosome profiling of cell type-specific translation in the brain. Genome Biol. 17, 149 (2016).
    脳における細胞タイプ特異的翻訳のライゲーションフリーの手法によるリボソームプロファイリング
    使用キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina

  2. C. Baer, et al., Suppression of microRNA activity amplifies IFN-γ-induced macrophage activation and promotes anti-tumour immunity. Nat. Cell Biol. 18, 790-802 (2016).
    microRNA活性の抑制は、IFN-γ誘導マクロファージの活性化を増幅し、抗腫瘍免疫を促進
    使用キット:SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing

  3. Z. Zhu, et al., Dynamics of the Transcriptome during Human Spermatogenesis: Predicting the Potential Key Genes Regulating Male Gametes Generation. Sci. Rep. 6, 19069 (2016).
    ヒト精子形成におけるトランスクリプトームのダイナミクス:オスの配偶子発生を制御する潜在的な主要遺伝子の予測RNA-Seqによる精子形成中のヒト雄生殖細胞におけるRNA転写をプロファイリング
    使用キット:SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3

植物
植物
  1. Y. Yamamura, et al., Elucidation of terpenoid metabolism in Scoparia dulcis by RNA-seq analysis. Sci. Rep. 7, 43311 (2017).
    南米のグァラニー・インディオに伝わる熱帯性薬用植物Scoparia dulcis の有効成分ジテルペン類の生合成機構をRNA-seqにより解明
    使用キット:SMARTer Stranded RNA-Seq Kit

DNAシーケンス

ChIP-seq
ChIP-seq
  1. I. Sethi, et al., Evolutionary re-wiring of p63 and the epigenomic regulatory landscape in keratinocytes and its potential implications on species-specific gene expression and phenotypes. Nucleic Acids Res., 1-17 (2017).
    ケラチノサイトにおけるp63の進化的再構成とエピジェネティックな制御機構および種特異的遺伝子発現と表現型との関連
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

  2. Y.-Y. Chiou, et al., Mammalian Period represses and de-represses transcription by displacing CLOCK–BMAL1 from promoters in a Cryptochrome-dependent manner. Proc. Natl. Acad. Sci. 113, E6072-E6079 (2016).
    クリプトクロム依存的にプロモーターからCLOCK-BMAL1を置換することによる概日リズム の転写の制御
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

Developmentalal biology
Developmentalal biology
  1. H. Bolton, et al., Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential. Nat. Commun. 7, 11165 (2016).
    染色体モザイク症のマウスモデルを用いて異数性細胞を作製する方法を開発、細胞が排除されたり、分化方向が運命づけられたりする仕組みを検討
    使用キット:PicoPLEX WGA Kit

FFPE
FFPE
  1. P. Cejas, et al., Chromatin immunoprecipitation from fixed clinical tissues reveals tumor-specific enhancer profiles. Nat. Med. 22, 685-691 (2016).
    FFPE固定化組織からのクロマチン免疫沈降シーケンス(FiT-seq)と呼ばれる新手法を用いたヒストンマークの正確な検出
    使用キット:ThruPLEX-FD Prep Kit(現 ThruPLEX DNA-seq Kit)

  2. L. Saarinen, et al., Multiple components of PKA and TGF-β pathways are mutated in pseudomyxoma peritonei. PLoS One 12, 1-16 (2017).
    PKAおよびTGF-β経路の複数遺伝子のexomeシーケンスによる腹膜偽粘液腫における突然変異の解析
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

cfDNA
cfDNA
  1. Y. Xia, et al., Copy number variations in urine cell free DNA as biomarkers in advanced prostate cancer. Oncotarget. 7, 35818-35831 (2016).
    尿サンプル由来セルフリーDNA(cfDNA)による進行性前立腺癌のコピー数多型(CNV)の解析
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

  2. M. W. Snyder, et al., Cell-free DNA Comprises an in Vivo Nucleosome Footprint that Informs Its Tissues-Of-Origin. Cell 164, 57-68 (2016).
    in vivoヌクレオソームフットプリントにより得られた血漿由来cfDNAがその由来組織情報を含むことの研究
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

植物
植物
  1. Y. You, et al., Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabidopsis shoot meristem during flowering. Nat. Commun. 8, 15120 (2017).
    開花期のシロイヌナズナの茎頂分裂組織における遺伝子発現とヒストンマークの時間的ダイナミクスの解析
    使用キット:ThruPLEX-FD Prep Kit(現 ThruPLEX DNA-seq Kit)

メタゲノム解析
メタゲノム解析
  1. O. Zablocki, et al., Diversity and ecology of viruses in hyperarid desert soils. Appl. Environ. Microbiol. 82, 770-777 (2015).
    超乾燥砂漠土壌におけるウイルスの多様性と生態
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

  2. T. G. Aw, et al., Metagenomic analysis of viruses associated with field-grown and retail lettuce identifies human and animal viruses. Int. J. Food Microbiol. 223, 50-56 (2016).
    野外で生育したレタスに関連するウイルスのメタゲノム分析によるヒトおよび動物のウイルスの同定
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit

※各文献の日本語要約は簡潔さを優先しております。ご利用の際には必ず原著論文をご確認ください。

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