SMARTer® NGS キーワード別論文リスト

RNAシーケンス

Developmental biology
Developmental biology
  1. L. He, et al., Analysis of the brain mural cell transcriptome. Sci. Rep. 6, 35108 (2016).
    脳微小血管由来周皮細胞(Pericyte)のトランスクリプトーム解析
    使用キット:SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian
Neurology
Neurology
  1. M. N. Abdelmoez et al., SINC-seq:correlation of gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology. Genome Med. 19:66 (2017)
    SINC-seq:シングルセル解析で示された 核と細胞質における遺伝子発現の相関
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
  2. B. Y. H. Lam, et al., Heterogeneity of hypothalamic pro-opiomelanocortin-expressing neurons revealed by single-cell RNA sequencing. Mol. Metab. 6, 383-392 (2017).
    シングルセルRNA-seqによる視床下部のproopiomelanocortin発現ニューロンの異質性の解析
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
  3. C. Sandor, et al., Transcriptomic profiling of purified patient-derived dopamine neurons identifies convergent perturbations and therapeutics for Parkinson’s disease. Hum. Mol. Genet. 26, 552-565 (2017).
    ドーパミンニューロンのトランスクリプトームプロファイリングによるパーキンソン病の収束摂動および治療法の研究
    使用キット:SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing
  4. S. Qiu et al., Single-neuron RNA-Seq: Technical feasibility and reproducibility. Front. Genet. 3, 1–8 (2012).
    単一神経細胞RNA-Seq:技術的な実現可能性と再現性
    使用キット:SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing
Immunology
  1. S. Yamazaki et al., Ultraviolet B–Induced Maturation of CD11b-Type Langerin − Dendritic Cells Controls the Expansion of Foxp3 + Regulatory T Cells in the Skin. J. Immunol. 200, 119–129 (2018).
    CD11b型Langerin(-)樹状細胞の紫外線UVB照射による皮膚でのFoxp3(+)制御性T細胞の増殖制御
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
ゲノム編集
ゲノム編集
  1. A. Sakashita, et al., Stepwise approach to oocyte depletion in Sry mutated XY (2017).
    Sry変異XY雌マウスにおける卵母細胞枯渇の段階的アプローチ
    使用キット:SMARTer Ultra Low Input RNA Kit
Non-coding RNA
Non-coding RNA
  1. G. Guelfi et al., Next Generation Sequencing of urine exfoliated cells: An approach of prostate cancer microRNAs research. Sci. Rep. 8, 1–8 (2018).
    尿中剥離細胞の次世代シーケンス解析:前立腺がんのマイクロRNA研究
    使用キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
  2. A. J. Griswold et al., Transcriptomic analysis of synovial extracellular RNA following knee trauma: A pilot study. J. Orthop. Res. 36, 1659–1665 (2018).
    膝外傷による滑膜の細胞外RNAのトランスクリプトーム解析:パイロット研究
    使用キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
  3. N. Hornstein, et al., Ligation-free ribosome profiling of cell type-specific translation in the brain. Genome Biol. 17, 149 (2016).
    脳における細胞タイプ特異的翻訳のライゲーションフリーの手法によるリボソームプロファイリング
    使用キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
  4. C. Baer, et al., Suppression of microRNA activity amplifies IFN-γ-induced macrophage activation and promotes anti-tumour immunity. Nat. Cell Biol. 18, 790-802 (2016).
    microRNA活性の抑制は、IFN-γ誘導マクロファージの活性化を増幅し、抗腫瘍免疫を促進
    使用キット:SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing
  5. Z. Zhu, et al., Dynamics of the Transcriptome during Human Spermatogenesis: Predicting the Potential Key Genes Regulating Male Gametes Generation. Sci. Rep. 6, 19069 (2016).
    ヒト精子形成におけるトランスクリプトームのダイナミクス:オスの配偶子発生を制御する潜在的な主要遺伝子の予測RNA-Seqによる精子形成中のヒト雄生殖細胞におけるRNA転写をプロファイリング
    使用キット:SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
植物
植物
  1. Y. Yamamura, et al., Elucidation of terpenoid metabolism in Scoparia dulcis by RNA-seq analysis. Sci. Rep. 7, 43311 (2017).
    南米のグァラニー・インディオに伝わる熱帯性薬用植物Scoparia dulcis の有効成分ジテルペン類の生合成機構をRNA-seqにより解明
    使用キット:SMARTer Stranded RNA-Seq Kit
比較ゲノム解析
  1. Y. Yoshida et al., Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus. PLoS Biology. 15, (2017), doi:10.1371/journal.pbio.2002266.
    極限環境耐性の異なる2種のクマムシを用いた高精度な比較ゲノム解析及び網羅的な遺伝子発現解析(mRNA-Seq)
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
実験手法
  1. K. Walton, B.P O’Connor, Optimized Methodology for the Generation of RNA-Sequencing Libraries from Low-Input Starting Material: Enabling Analysis of Specialized Cell Types and Clinical Samples. In: DiStefano J. (eds) Disease Gene Identification. Methods in Molecular Biology, 1706, (2018) 175-198, doi: 10.1007/978-1-4939-7471-9_10.
    臨床サンプルやフローサイトメーターでソートした細胞など特殊なサンプルから得られる微量RNAから次世代シーケンスライブリー作製する際の最適なアプローチ
    使用キット:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing

DNAシーケンス

ChIP-seq
ChIP-seq
  1. I. Sethi, et al., Evolutionary re-wiring of p63 and the epigenomic regulatory landscape in keratinocytes and its potential implications on species-specific gene expression and phenotypes. Nucleic Acids Res., 1-17 (2017).
    ケラチノサイトにおけるp63の進化的再構成とエピジェネティックな制御機構および種特異的遺伝子発現と表現型との関連
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
  2. Y.-Y. Chiou, et al., Mammalian Period represses and de-represses transcription by displacing CLOCK–BMAL1 from promoters in a Cryptochrome-dependent manner. Proc. Natl. Acad. Sci. 113, E6072-E6079 (2016).
    クリプトクロム依存的にプロモーターからCLOCK-BMAL1を置換することによる概日リズム の転写の制御
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
  3. Y. S. Bogliotti et al., Efficient derivation of stable primed pluripotent embryonic stem cells from bovine blastocysts. Proc. Natl. Acad. Sci., (2018). doi: 10.1073/pnas.1716161115
    ウシ胚盤胞から安定した初代胚性幹細胞の効率的な誘導を行い、H3K27me3抗体と抗H3K4me3抗体を用いて、胚性幹細胞のChIP-seqを実施した。
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
Developmentalal biology
Developmentalal biology
  1. H. Bolton, et al., Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential. Nat. Commun. 7, 11165 (2016).
    染色体モザイク症のマウスモデルを用いて異数性細胞を作製する方法を開発、細胞が排除されたり、分化方向が運命づけられたりする仕組みを検討
    使用キット:PicoPLEX WGA Kit
癌研究
  1. M. J. A. Weerts et al., Sensitive detection of mitochondrial DNA variants for analysis of mitochondrial DNA-enriched extracts from frozen tumor tissue. Sci. Rep. 8, 2261 (2018).
    凍結した腫瘍組織から抽出したミトコンドリアDNAの濃縮抽出物から得られたミトコンドリアDNAの高感度な変異検出
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
FFPE
FFPE
  1. P. Cejas, et al., Chromatin immunoprecipitation from fixed clinical tissues reveals tumor-specific enhancer profiles. Nat. Med. 22, 685-691 (2016).
    FFPE固定化組織からのクロマチン免疫沈降シーケンス(FiT-seq)と呼ばれる新手法を用いたヒストンマークの正確な検出
    使用キット:ThruPLEX-FD Prep Kit(現 ThruPLEX DNA-seq Kit)
  2. L. Saarinen, et al., Multiple components of PKA and TGF-β pathways are mutated in pseudomyxoma peritonei. PLoS One 12, 1-16 (2017).
    PKAおよびTGF-β経路の複数遺伝子のexomeシーケンスによる腹膜偽粘液腫における突然変異の解析
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
  3. S.-F. Chin et al., Shallow whole genome sequencing for robust copy number profiling of formalin- fixed paraffin-embedded breast cancers. bioRxiv Prepr. doi: http://dx.doi.org/10.1101/231480 (2017).
    乳癌のホルマリン固定パラフィン包埋組織をサンプルとした全ゲノム塩基配列解析による正確なコピー数プロファイリング
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
cfDNA
cfDNA
  1. Y. Xia, et al., Copy number variations in urine cell free DNA as biomarkers in advanced prostate cancer. Oncotarget. 7, 35818-35831 (2016).
    尿サンプル由来セルフリーDNA(cfDNA)による進行性前立腺癌のコピー数多型(CNV)の解析
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
  2. M. W. Snyder, et al., Cell-free DNA Comprises an in Vivo Nucleosome Footprint that Informs Its Tissues-Of-Origin. Cell 164, 57-68 (2016).
    in vivoヌクレオソームフットプリントにより得られた血漿由来cfDNAがその由来組織情報を含むことの研究
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
植物
植物
  1. Y. You, et al., Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabidopsis shoot meristem during flowering. Nat. Commun. 8, 15120 (2017).
    開花期のシロイヌナズナの茎頂分裂組織における遺伝子発現とヒストンマークの時間的ダイナミクスの解析
    使用キット:ThruPLEX-FD Prep Kit(現 ThruPLEX DNA-seq Kit)
ゲノム解析
  1. K. Arakawa et al., Genome sequencing of a single tardigrade Hypsibius dujardini individual. Sci. Data. 3, 160063 (2016).
    緩歩動物、クマムシの単一個体由来の超微量ゲノムDNAを用いたゲノムシーケンス解析手法の確立および再現性と網羅性に優れた解析
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
メタゲノム解析
メタゲノム解析
  1. O. Zablocki, et al., Diversity and ecology of viruses in hyperarid desert soils. Appl. Environ. Microbiol. 82, 770-777 (2015).
    超乾燥砂漠土壌におけるウイルスの多様性と生態
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
  2. T. G. Aw, et al., Metagenomic analysis of viruses associated with field-grown and retail lettuce identifies human and animal viruses. Int. J. Food Microbiol. 223, 50-56 (2016).
    野外で生育したレタスに関連するウイルスのメタゲノム分析によるヒトおよび動物のウイルスの同定
    使用キット:ThruPLEX DNA-seq Kit
※各文献の日本語要約は簡潔さを優先しております。ご利用の際には必ず原著論文をご確認ください。

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