最高感度のシングルセル全長mRNA-Seq解析

SMART-Seq® Single Cell Kit

  • シングルセルから確実に全長のcDNAを合成 - SMART-Seq2などの既存の全長cDNA合成法よりも優れた、バリデーション済みのキット
  • 優れた感度と再現性-末梢血単核細胞などRNA含量が少ない細胞や核のシングルセルRNA-Seqに最適
  • プレートベースの簡単なワークフロー - セルソーターなどで単離されたシングルセルを直接使用可能
  • ハイスループット解析 - 自動化装置に対応可能
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 634470 Z4470N SMART-Seq® Single Cell Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
12回 ¥198,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634471 Z4471N SMART-Seq® Single Cell Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
48回 ¥546,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634472 Z4472N SMART-Seq® Single Cell Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
96回 ¥984,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

SMART-Seq Single Cell Kitは、シングルセルや核からのRNA-Seqに適した高感度で再現性の高いcDNA調製キットである。RNAを抽出することなく、シングルセルから直接、高品質な全長のcDNAを調製することができる。調製したcDNAはllluminaプラットフォーム用のライブラリー調製キットに使用できる。本キットは、SMART-Seqテクノロジーを改良してシングルセル解析専用に設計されており、SMART-Seq2などの既存の方法、およびタカラバイオの従来のキット(SMART-Seq v4)に比べて、はるかに優れたシングルセルRNA-Seqライブラリーの作製が可能となる。本キットは、2 pgのtotal RNA、およびRNA含有量が低いことが知られている末梢血単核細胞(PBMC)などのシングルセルで性能を確認済みである。
図1.SMART-Seq2法との比較
リンパ芽球様細胞株GM12878のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit (SSsc;18サンプル) および SMART-Seq2 法 (SMART-Seq2; 20サンプル)によってcDNAを調製し(各19サイクルで増幅)、RNA-Seqライブラリーを作製してシーケンス解析を行った。全てのサンプルは175万ペアエンドリードにノーマライズした。
パネルA:cDNAの調製方法によってマッピング結果が異なっており、SMART-Seq2ではミトコンドリアゲノムへのマッピング率が多く、遺伝子同定に使用できるリード数が少なかった。
パネルB:SMART-Seq Single Cell Kitでは、SMART-Seq2に比べて多くの遺伝子が検出された。
図2.SMART-Seq v4との比較
パネルA:リンパ芽球様細胞株GM22601の12個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit (SSsc)、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(SSv4;製品コード 634888など)を用いてcDNAを調製した(各19サイクルで増幅)。cDNAの収量は、SMART-Seq Single Cell Kitの方が大幅に多い結果となった。
パネルB:シングルドナーから採取したPBMC約50個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for SequencingでcDNAを調製し、RNA-Seqライブラリーを作製してシーケンス解析を行った。解析に使用したリード数に関係なく、SMART-Seq Single Cell KitではSMART-Seq v4の1.6倍以上の遺伝子が検出された。
SMART-Seqテクノロジーをシングルセル解析用に改良したSMART-Seq Single Cell Kitの優れた感度が示された。

内容

Package 1
Control Total RNA(1 μg/μl)
Package 2
10×Lysis Buffer
RNase Inhibitor (40 U/μl)
Nuclease-Free Water
SMART-Seq sc TSO
3'SMART-Seq CDS Primer II A
SMARTScribe II Reverse Transcriptase
SMART-Seq sc First Strand Buffer (5X)
SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
PCR Primer
Elution Buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)

保存

Control Total RNA:-70℃
その他のコンポーネント:-20℃

用途

完全長トランスクリプトーム解析を目的としたシングルセルからのcDNA合成
ライブラリー調製にはNextera XT library preparation kitが使用可能

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。
  • シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
  • 8連または12連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
  • 微量遠心機(1.5 mlチューブ用、0.2 mlチューブまたはストリップ用)
  • 96ウェル冷却ラック(IsoFreeze PCR Rack, MIDSCI社 Cat. No. 5640-T4、96-Well Aluminum Block, Light Labs社 Cat. No. A-7079 など)

セルソーティング
  • 8-tube strips(Thermo Fisher Scientific社 Cat No.AB0264)または使用する機器に適したPCR tube strips、96-well plates(iQ 96-Well PCR Plates, Bio-Rad社 Cat. No. 2239441など)
  • Microplate film(USA Scientific社 Cat. No. 2920-0010)ソーティング前のプレートシールに使用
  • Aluminum single tab foil seal(USA Scientific社 Cat. No. 2938-4100)または cap strips(Thermo Fisher Scientific社 Cat. No. AB0784/AB0850)
  • 低速遠心機(96ウェルプレートまたはtube strip用)
  • ドライアイス(細胞の凍結用)
  • (オプション)BD FACS Pre-Sort Buffer(BD社 Cat No. 563503)
  • (オプション)SMART-Seq HT Kit Lysis Components(製品コード 634439)または10X Lysis Buffer(製品コード 635013)

cDNA合成およびバリデーション
  • Hot-Lid PCRサーマルサイクラー
  • Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Cat.No. 1402-4700)など
  • Nuclease-free-low adhesion1.5 ml tubes(USA Scientific社 Cat.No. 1415-2600)またはLoBond tubes(Eppendorf, No.022431021)など

SPRI Bead精製
  • Agencourt AMPure XP(Beckman Coulter社 5 ml, Cat.No. A63880、60 ml, Cat.No. A63881)
  • 80% Ethanol
  • Magnetic Separation Device
    • 12~24サンプル用
      • 0.2 ml チューブ:SMARTer-Seq Magnetic Separator - PCR Strip(製品コード 635011)など
      • 0.2 mlチューブまたはストリップ用遠心機
    • 24~96サンプル用
      • 96-well フォーマット用:Magnetic Stand-96(Thermo Fisher Scientific社 Cat.No.AM10027)など
      • 96-well V-bottom Plate(500 μl;VWR社 Cat. No. 47743-996)
      • PCR plate seals(Thermo Fisher Scientific社 Cat.No.AB0558)
      • 96-well plate用遠心機
    • 1.5 ml用(精製前にNexteraシーケンス用ライブラリーをプールした場合に必要)
      • Magnetic Stand(製品コード 631964)または NEB Magnetic Separation Rack(NEB社 Cat.No.1506S/1509S)

cDNA定量
  • High Sensitivity DNA Kit(Agilent Cat. No. 5067-4626)または同等品

ライブラリー作製
  • Nextera XT DNA Library Preparation Kit(Illumina社 Cat. No. FC-131-1024, FC-131-1096)
  • Nextera XT Index Kit(Illumina社 Cat. No. FC-131-2001)または同等品

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