ネオアンチゲン予測解析

• 全エクソンシーケンス（WES）または全ゲノムシーケンス（WGS）およびRNA-Seqデータから複合的に予測
• ネオアンチゲン候補ペプチドの配列リストを作成
• HLA（MHC Class I）への結合親和性を予測

がん細胞特異的な遺伝子変異に由来する抗原は、正常細胞中に本来存在しないためネオアンチゲンと呼ばれ、これを標的としたがん免疫療法の開発が期待されています。タカラバイオでは、研究分野で培ってきた先端的な次世代シーケンサー解析の技術を活かし、がん細胞特異的な遺伝子変異情報にRNA発現量情報を組み合わせたオミックス解析により、ネオアンチゲンのペプチド配列の予測を行います。

1. 作業の流れ
   
   


2. 情報解析
   予測するネオアンチゲン候補となるペプチド配列は以下の通りです。
   
   - 体細胞変異を持つペプチド配列
   近傍のSNPや変異を考慮し、各アイソフォームのペプチド配列を作成します。
   
   
   
   
   また、近傍変異間のフェーズを考慮してペプチド配列を作成します。
   
   ※フェーズが決まらない場合は、全ての組み合わせでペプチド配列を作成します（上限数あり）。
   
   
   - 融合遺伝子に由来するペプチド配列
   下流側遺伝子のフレームに依り、breakpoint周辺のみ、またはbreakpointから下流すべてがネオアンチゲン候補となります。上流・下流遺伝子の各アイソフォームを考慮したペプチド配列を作成します。
   
   
   - Cancer/Testis（CT）抗原由来のペプチド配列
   RNA-Seq解析データから、CT抗原遺伝子が一定以上発現している場合、各アイソフォームの全長配列からペプチド配列を作成します。
   
   
   
   【納品データ例】
   ネオアンチゲン候補ペプチドリスト（Excel）
   
   

• 作業報告書
• ネオアンチゲン候補ペプチドリスト（Excel）
• マッピング結果（BAM）
  - 正常検体 WES（またはWGS）
  - 腫瘍検体 WES（またはWGS）
  - 腫瘍検体RNA-Seq
• 変異検出結果（VCF）
  - 生殖細胞変異
  - 体細胞変異
  - 体細胞変異と生殖細胞変異をマージしたVCF
  - 腫瘍検体CNV
• 遺伝子単位 & 転写産物単位発現解析結果（Excel）
• 融合遺伝子検出結果（Excel）
• Purity推定結果（Excel）
• HLAタイピング結果（Excel）

• メール注文
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
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  • 次世代シーケンス(NGS)解析依頼書（Excel）
  • ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
    ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。


• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
  

• 全エクソーム解析データまたは全ゲノムシーケンス解析
  ペアエンドシーケンスされた正常検体および腫瘍検体のペアのシーケンスデータが必要です。
• RNAシーケンス解析データ
  ペアエンドシーケンスされたシーケンスデータが必要です。