クローナリティ解析

CAR-T細胞などの自家細胞製剤では、レンチウイルスベクターなどのウイルスベクターを用いてCAR遺伝子を宿主ゲノムへ導入する方法が広く用いられています。一方で、ウイルスベクターの挿入位置の制御は難しく、がん関連遺伝子もしくはがん遺伝子の近傍に挿入された場合、細胞増殖に影響を及ぼす可能性があります。そのため、細胞製剤の特性解析においては挿入位置の確認に加え、特定のクローンが過度に増殖していないかを評価することは重要です。
従来法であるLAM-PCR（Linear Amplification–Mediated PCR）は、ウイルスベクターを起点にゲノム隣接配列を増幅し、挿入位置のバリエーションを定性的に評価する手法ですが、定量性に課題があり、クローン頻度を正確に比較することが難しい場合があります。
本サービスでは、NGS技術を用いて挿入位置を網羅的に検出し、リード数に基づいて各クローンの頻度を定量的に評価します。これにより、挿入位置情報とクローン構成の両面から遺伝子導入細胞の特性解析を支援します。



遺伝子導入用ウイルスベクター両端に存在する繰り返し配列（レンチウイルスベクターの場合、LTR；Long Terminal Repeat配列）に対してカスタム設計したプローブにて挿入位置および近傍配列を濃縮し、ショートリードシーケンスによって宿主ゲノム情報の遺伝子挿入位置を検出します。

（基本仕様）

• 試験計画書作成
• 細胞からのDNA抽出
• カスタムプローブ設計/合成
• ライブラリー作製
• プローブ濃縮
• シーケンス（NovaSeqシステム　300 Gb相当／～4検体）
• 情報解析
• 挿入位置検出
• 挿入位置検出（染色体単位での集計）
• CpGアイランド情報、遺伝子情報（がん関連遺伝子情報・がん関連遺伝子以外の情報）のアノテーション
• 転写開始部位近傍領域、エクソン領域、CpGアイランドへの挿入頻度情報の集計・図示化
• 最終報告書作成

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
• ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

• 参照配列情報
• 細胞、ゲノムDNA

※細胞数やDNAサンプル量については別途ご相談ください。