特長
- ロングリードシーケンサーにより、アデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターの構造解析・品質評価をより高精度に実現
- AAVベクター液の中に存在するAAV由来ゲノムの割合から不純物の混入まで正確に特定
概要
遺伝子治療製品として注目されるアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターの品質を評価するにあたり、AAVベクター製造過程を経て、存在する可能性のある各種核酸（AAV配列（full/partial）、目的導入配列、宿主由来ゲノム配列、残存プラスミド）を評価することは重要です。qPCRでAAVベクターを定量・評価することも可能ですが、特定標的配列への評価にとどまるため網羅的な解析はできません。次世代シーケンサーを用いることで、AAVベクター液に存在する核酸を網羅的に評価することが可能です。
- 得られたリードを各種参照配列へマッピング 得られたシーケンスリードを、解析対象AAVベクター配列、AAV製造に使用したプラスミドベクター配列、および宿主由来ゲノム配列にマッピングします。これにより、導入遺伝子（GOI）の完全性に加え、プラスミド由来DNAおよび宿主細胞由来DNAの残存状況を評価します。
- AAVベクターゲノムの構成比解析 AAVベクター由来シーケンスリードを完全長（Full）および部分欠損（Partial）などに分類し、それぞれの構成比を算出します。
（解析例）
サンプル：ZsGreen1発現ベクター
AAVpro Helper Free System（製品コード 6673、他）、pAAV-ZsGreen1 Vector（製品コード 6231）を用い、AAV1の血清型のCapsidを持つAAV-ZsGreen1ウイルスベクターを作製。作製したウイルスは、弊社の研究受託の標準手順であるCsCl超遠心法により精製を行い、Amiconにより濃縮（宿主細胞：HEK293細胞）。
→GOIの完全性の確認も可能
→各配列のシーケンスリード割合を調べることでAAVベクター作製時の品質を評価
サービス内容
（基本仕様）
- 試験計画書作成
- アニーリング処理（AAV DNAご提供の場合）
- ライブラリー作製
- 全ゲノムシーケンス（Revioシステム 1セル：80 Gb相当）
- 情報解析
- 参照ゲノム配列、解析対象AAVベクタープラスミド配列情報に対してマッピングし、ゲノム構造変化位置を検出
- 参照ゲノム配列、解析対象AAVベクタープラスミド配列情報、AAV産生に用いたプラスミドベクター配列情報を用いて、得られた塩基配列を完全性に基づき分類し、AAV品質を評価可能なレポートを作成
- 最終報告書作成
価格・納期
| 検体数 | 基本仕様 （AAV DNAご提供） | 基本仕様 （アニーリング処理済みAAV DNAご提供） | 参考納期 |
|---|---|---|---|
| 1検体（N=2） | ￥2,100,000 | ￥2,000,000 | AAV DNAご提供：約4.5ヵ月 アニーリング処理済みAAV DNAご提供：約4.25ヵ月 |
| 2検体（N=4） | ￥2,300,000 | ￥2,100,000 |
納品物
- 試験計画書、最終報告書
- シーケンスデータ一式
- マッピング結果ファイル一式
- ゲノム変異解析結果、構造多型解析結果
- 塩基配列の分類情報
- AAV品質評価用レポート
ご注文方法
以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。
- 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
- ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel） ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
- 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel） ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
受入サンプル
- 参照配列情報
- 細胞、ゲノムDNA
ご留意事項
- ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。 - お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
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- 注意事項
- 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
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