導入遺伝子の完全性試験・コピー数試験

iPS細胞由来の遺伝子改変細胞などの他家細胞製剤では、導入遺伝子が意図した配列として維持されているか、また宿主ゲノム中にどのような形で存在しているかを確認することが、安全性および製造プロセスにおいて重要です。
導入遺伝子の評価には、サンガーシーケンスやサザンブロッティング方法が用いられることが多いですが、これらの方法では、導入遺伝子の全体構造、挿入位置、コピー数の違いを一度に把握することが難しい場合があります。特に多コピーで導入されたセルバンクでは、正確な評価が困難になります。
本サービスでは、ロングリードシーケンスを用いた全ゲノム解析（Whole Genome Sequence; WGS）により、導入遺伝子を含む長鎖リードを取得し、導入遺伝子の完全性、宿主ゲノムへの挿入位置、コピー数、変異の有無などを総合的に解析します。また、ロングリードの特性を活かすことで、従来法やショートリード解析では分断されやすい領域についても、より連続性の高い情報に基づく評価が可能です。

【解析の流れ】

1. ライブラリー作製、シーケンス
細胞株からゲノムDNAを抽出し、ライブラリーを作製、シーケンス
2. 情報解析

（基本仕様）

• 試験計画書作成
• 細胞からの長鎖DNA抽出
• ライブラリー作製
• シーケンス（Revioシステム　80 Gb相当／検体）
• 情報解析
• 導入配列を含むリードの検出
• 挿入位置、コピー数の検出^*
• コンセンサス配列の構築
• 変異の検出
• 最終報告書作成

* 挿入位置およびコピー数に関しては、導入遺伝子の挿入のされ方、導入遺伝子の長さにより正確に出ないことがあります。その場合は判定不能として報告します。

検体数	基本仕様	参考納期
1検体	￥1,900,000	約4.5カ月
2検体	￥2,850,000

• 試験計画書、最終報告書
• シーケンスデータ一式
• マッピング結果ファイル一式
• 導入遺伝子の完全性試験結果（導入遺伝子のコンセンサス配列、変異情報）
• 導入遺伝子のコピー数試験結果

納品物例
検証サンプル：サザンブロッティング法で複数コピーの遺伝子導入が確認されているレトロウイルス産生細胞を用いて、ロングリードシーケンス解析を実施

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
• ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

• 参照配列情報
• 細胞、ゲノムDNA

※細胞数やDNAサンプル量については別途ご相談ください。