制限酵素の中には、そのDNA認識配列中の塩基がメチル化を受けると、メチル化された塩基の種類および位置によってDNAを切断できなくなるものがある。
こういったメチル化感受性制限酵素と、PCRあるいはリアルタイムPCRなどの遺伝子工学的手法を組み合わせることで、エピジェネティクス解析の一つである哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析を比較的容易に行うことができる。
下記表には、哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素、すなわち、CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受けDNA切断ができなくなる制限酵素を記載した。
CpG methylaseの影響を受ける制限酵素
*1 Hap IIのisoschizomerであるMsp I はCpG methylaseの影響を受けない
*2 ( ) 内の配列は制限酵素認識配列以外の配列を示す
こういったメチル化感受性制限酵素と、PCRあるいはリアルタイムPCRなどの遺伝子工学的手法を組み合わせることで、エピジェネティクス解析の一つである哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析を比較的容易に行うことができる。
下記表には、哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素、すなわち、CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受けDNA切断ができなくなる制限酵素を記載した。
■ CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
■ 配列条件によりCpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
大腸菌由来のmethylaseの影響も併記した。
◆ dam methylase (G6mATC) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
◆ dcm methylase (C5mCWGG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
■ 配列条件によりCpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
大腸菌由来のmethylaseの影響も併記した。
◆ dam methylase (G6mATC) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
◆ dcm methylase (C5mCWGG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
CpG methylaseの影響を受ける制限酵素
| 制限酵素名 | 認識配列 | 切断されない配列*2 | CpG | dam | dcm | 切断されない配列*2 |
| Aat II | GACGT/C | GA5mCGTC GACGT5mC(G) |
■ | |||
| Acc I | GT/MKAC | GT5mCGAC GTMKA5mC(G) |
■ | |||
| Acc II | CG/CG | 5mCG5mCG 5mCGCG |
■ | |||
| Afa I | GT/AC | GTA5mC(G) | ■ | |||
| Aor13H I | T/CCGGA | TC5mCGGA | ■ | |||
| Aor51H I | AGC/GCT | AG5mCGCT | ■ | |||
| Apa I | GGGCC/C | GGGCC5mC(G) | ■ | ◆ | GGGCC5mC(WGG) | |
| ApaL I | G/TGCAC | GTGCA5mC(G) | ■ | |||
| Bgl I | GCCN4/NGGC | GCCN5GG5mC(G) | ■ | ◆ | GGNC5mC(WGG) | |
| BspT104 I | TT/CGAA | TT5mCGAA | ■ | |||
| BssH II | G/CGCGC | G5mCG5mCGC G5mCGCGC |
■ | |||
| Cfr10 I | R/CCGGY | RC5mCGGY | ■ | |||
| Cla I | AT/CGAT | AT5mCGAT | ■ | ◆ | (G)6mATCGAT ATCG6mAT(C) |
|
| Cpo I | CG/GWCCG | 5mCGGWC5mCG | ■ | |||
| Eae I | Y/GGCCR | YGGC5mCG | ■ | ◆ | YGGC5mCA(GG) | |
| Eco52 I | C/GGCCG | 5mCGGC5mCG 5mCGGCCG CGGC5mCG |
■ | |||
| 制限酵素名 | 認識配列 | 切断されない配列*2 | CpG | dam | dcm | 切断されない配列*2 |
| Hae II | RGCGC/Y | RG5mCGCY | ■ | |||
| Hap II*1 | C/CGG | C5mCGG | ■ | |||
| Hha I | GCG/C | G5mCGC GCG5mC(G) |
■ | |||
| Mlu I | A/CGCGT | A5mCG5mCGT | ■ | |||
| Nae I | GCC/GGC | GC5mCGGC GCCGG5mC(G) |
■ | |||
| Nhe I | G/CTAGC | GCTAG5mC(G) | ■ | |||
| Not I | GC/GGCCGC | G5mCGGC5mCGC | ■ | |||
| Nru I | TCG/CGA | T5mCG5mCGA T5mCGCGA |
■ | ◆ | TCGCG6mA(TC) | |
| PmaC I | CAC/GTG | CA5mCGTG | ■ | |||
| Psp1406 I | AA/CGTT | AA5mCGTT | ■ | |||
| Pvu I | CGAT/CG | 5mCGAT5mCG | ■ | |||
| Sac II | CCGC/GG | C5mCG5mCGG C5mCGCGG |
■ | |||
| Sal I | G/TCGAC | GT5mCGAC | ■ | |||
| Sau3A I | GATC | GAT5mC(G) | ■ | |||
| Sma I | CCC/GGG | CC5mCGGG | ■ | |||
| SnaB I | TAC/GTA | TA5mCGTA | ■ | |||
| VpaK11B I | G/GWCC | GGWC5mC(G) | ■ | ◆ | GGWC5mC(WGG) |
*2 ( ) 内の配列は制限酵素認識配列以外の配列を示す
| M | ：A or C |
| N | ：A or C or G or T |
| R | ：A or G |
| Y | ：C or T |
| W | ：A or T |
| S | ：C or G |
| H | ：A or C or T |
| D | ：A or G or T |
| K | ：G or T |
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