簡単操作、微量（50 pg）対応の、ChIP-seqに最適なDNAライブラリー調製キット
- 微量DNAサンプル（50 pg～50 ng）から、イルミナ社NGS装置用ライブラリーを作製
- 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
- サンプルが微量なケースが多いChIP-seqに最適
- 主要なTarget Enrichmentプラットフォームに対応
－Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZ、IDT xGen Lockdown Probes等
※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。
※ 製品名の「SMARTer」はなくなりましたが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。
プロトコール：SureSelect XTとの組合せ
プロトコール：SeqCap EZとの組合せ
※ 製品名の「SMARTer」はなくなりましたが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。
プロトコール：SureSelect XTとの組合せ
プロトコール：SeqCap EZとの組合せ
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製品説明
- ThruPLEX DNA-Seq Kit
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ThruPLEX DNA-Seq Kitは、ThruPLEXケミストリーを用いて、わずか50 pgの微量DNAからduplicate率が少なく、多様性の高いNGS用ライブラリーを作製するキットである。キットはマルチプレックスシーケンスに対応した384種類までのインデックスに対応しており、ゲノムDNA、生体液由来cell-free DNA、FFPE DNAやcDNAなどが利用でき、断片化dsDNAもサンプルとして使用可能である。
本キットの操作には、精製やサンプル移し替えのステップは不要で、同一チューブ、または同一ウェル内で連続反応を行うことができ、操作は約2時間で完了する。
さらに、RNA-Seq、ChIP-Seqを含む様々なDNA-Seqに利用でき、主要なTarget Enrichmentプラットフォームにも対応している。
本キットにはインデックスが含まれていないため、DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
＊ PCR産物をサンプルとして使用する場合は、5'リン酸化プライマーを用いてPCRを行ってください。
ThruPLEX DNA-Seq Kitのワークフローは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、わずか50 pgの二本鎖DNA／cDNAから、インデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。
Step 1：断片化二本鎖DNA(50 pg～50 ng)のエンドリペア
Step 2：Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3：ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
各社ライブラリー作製キットを用いてライブラリーを作製し、MiSeq v3 Reagent Kitを用いてライブラリーの多様性とduplicateの割合を比較した。ThruPLEX DNA-Seq Kitは少ないinput量からライブラリーが作製でき、多様性が高く（左図）、duplicateの割合も低かった（右図）。
各社ライブラリー作製キットを用いてヒトゲノムDNA 50 ngよりライブラリーを作製しGCカバー率を調べた。ThruPLEX DNA-Seq Kit(左図)は広い範囲で優れたGCカバー率を示した（右図）。赤の縦線はヒトゲノムDNAのGC含量分布を示している。
内容
- ThruPLEX DNA-Seq Kit（製品コード R400674）
-
Template Preparation D Buffer
Template Preparation D Enzyme
Library Synthesis D Buffer
Library Synthesis D Enzyme
Library Amplification D Buffer
Library Amplification Enzyme
Nuclease-Free Water
保存
－20℃
本製品以外に必要な試薬等
- サーマルサイクラー (リアルタイムPCR用も可)
- 遠心機
- 96 well PCR プレートまたは PCRチューブ
- 1.5 ml 低吸着マイクロチューブ (USA Scientific社, Code 1415-2600)
- PCRプレートシール
- シングルチャンネルピペット：10 μl、20 μl、200 μl
- 8連チャンネルピペット： 20 μl、200 μl
- フィルターピペットチップ：10 μl、20 μl、200 μl
- TE buffer (10 mM Tris-HCl (pH 8.0)、0.1 mM EDTA)
- 80％ (v/v) エタノール（用時調製）
- Magnetic Separator
- Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter社, Code A63880)
Application
【ユーザー様実施例】 ThruPLEX DNA-Seq Kitを使用した出芽酵母のDMS-Seq解析
【ユーザー様実施例】ThruPLEX® DNA-Seq Kitを使用したネッタイツメガエル初期胚で発現する発生制御因子に対するChIP-Seq解析手法の確立
【ユーザー様実施例】ThruPLEX® を用いた血漿中セルフリーDNA（cfDNA）のシーケンス解析
Technical Notes
DNA-seq from FFPE DNA samples
Low cell number ChIP-seq
Shearing low-volume DNA samples
Low-input whole-exome sequencing
ショットガンメタゲノム解析とメタトランスクリプトーム解析（英語）
イルミナ社Nextera® Rapid Captureを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Roche NimbleGen社SeqCap EZを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
IDT社xGen panelsを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXT2を用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectQXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
がんゲノミクスとエピゲノミクス（英語）
がんにおけるHLAタイピング（英語）
- 注意事項
- 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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