Trekker^® FX

Trekker FXは、FFPEサンプルを対象としたシングルセル空間トランスクリプトーム解析を実現する製品です。シーケンスライブラリー調製の上流で、ひとつひとつの核に位置情報（Spatial barcode）を付与することで真のシングルセル空間解析を可能にします。

本製品には、空間位置情報（Spatial barcode）を有したDNAバーコードを結合させたビーズ（直径10 µm）がスライドに単層に敷き詰められており、このスライドと解析対象の組織を貼り付けたタイルを、専用器具であるTrekker Alignment Fixtureを用いて接近させます。DNAバーコードは、UV照射によりビーズから遊離し、近傍の核に浸透するため、核一つ一つに直接、位置情報を付与することが可能です。その後、核を抽出して単一核RNAシーケンス（Single-nucleus RNA sequencing：snRNA-Seq）によりシングルセルに分画、シーケンスライブラリーを調製してシーケンサーにかけ、専用ソフトで解析することで個々の核由来の遺伝子発現情報と位置情報を合わせて高感度な遺伝子発現マップの構築が可能となり、真のシングルセル空間解析を実現します。
オプションとして、解析切片のH&E染色を行うプロトコールも選択可能です。

Trekker FX 10x10 Training Bundle（製品コード SK024）は、切片の貼付けから核抽出までの作業を検証および最適化するためのトレーニングキットです。Trekker FX 10x10 Bundle（製品コード SK023）をご購入の前に、このトレーニングキットでご自身のサンプルがうまくワークするか確認されることをおすすめします。
※トレーニングキットではsnRNA-Seqは行えませんのでご注意ください。

図1．Trekker tile概略図

• Photoclevable linker：UV照射によりビーズから遊離
• BB-1、Linker、BB-2：位置情報を示す、ビーズごとにユニークな配列
• Handshake sequence：シングルセルシステムによって補足される配列
  これによりビーズバーコードがmRNAなどの測定対象分子と同時にシーケンスされる。

図2．ワークフロー
Trekkerタイルと組織を貼り付けたスライドをTrekker Alignment Fixtureでサンドイッチし、組織とビーズを接近させてタグ付け。核を位置情報付きDNAバーコードでタグ付けすることで、シングルセルの正確な空間解析が可能となり、組織内の細胞の位置情報をシングルセルデータに反映することが可能。

Trekker FX 10x10 Bundle（製品コード SK023）

• Package 1　 Trekker FX 10x10 Tiles
  －Trekker FX 10x10 Tiles　　4 Tile


• Package 2　 Trekker FX Reagent Kit
  Package 2-1
  －RNase Inhibitor
  －TD Enzyme
  Package 2-2
  －Nuclei Isolation Buffer
  －Nuclei Wash Buffer
  －BSA-H
  Package 2-3
  DX Buffer


• Package 3　 Trekker FX Accessories
  －Slide-Fixture Adhesives
  －Tile-Slide Spacers A (16–25 μm)
  －Tile-Slide Spacers B (10–15 μm)
  －Slide Mailer

Trekker FX 10x10 Training Bundle（製品コード SK024）

• Package 1　 Trekker FX 10x10 Training Tiles
  －Trekker FX 10x10 Training Tiles　　2 Tiles


• Package 2　 Trekker FX Training Reagent Kit
  Package 2-1
  －TD Enzyme
  Package 2-2
  －Nuclei Isolation Buffer
  －Nuclei Wash Buffer
  －BSA-H
  Package 2-3
  －DX Buffer


• Package 3　 Trekker FX Accessories
  －Slide-Fixture Adhesives
  －Tile-Slide Spacers A (16–25 μm)
  －Tile-Slide Spacers B (10–15 μm)
  －Slide Mailer

※ SK024には4反応に必要な試薬が含まれています。Training Tileは繰り返し使用可能です。

Trekker Alignment Fixture Bundle（製品コード SK025）

• Trekker Alignment Fixture
• Trekker Alignment Fixture Spacers

Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)（製品コード K011）

• UV lamp
• UV lamp driver
• UV lamp power supply
• UV lamp holder