pBAsiベクターシリーズ

pBAsiシリーズは、RNA polymerase III (pol III)系のプロモーターを搭載したsiRNA発現用プラスミドベクターである。
pol III系のプロモーターの下流にヘアピン型RNAを発現させるための合成DNA配列を挿入し、siRNA発現プラスミドを作製する。得られたプラスミドは細胞に導入して、RNAi実験に使用することができる。（図1）
製品コード 3223～3225、3227、3228には、ネオマイシン耐性遺伝子またはピューロマイシン耐性遺伝子が搭載されているため、薬剤による導入細胞の選択が可能である。
また、「プロモーター＋ヘアピン型RNA配列」を切り出して、容易にアデノウイルスベクターに乗せ換えることも可能である。組換えアデノウイルスの作製に関してはAdenovirus Dual Expression Kit（製品コード 6170）を利用できる。

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pBAsiベクターシリーズではプロモーター／薬剤耐性遺伝子の異なるプラスミドベクターを用意している。

図2　pBAsiベクターシリーズの制限酵素地図

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ヘアピン型RNAを発現させるためには、［Ligation用の制限酵素サイト＋標的配列（センス）＋ループ配列＋標的配列（アンチセンス）＋ターミネーター配列＋Ligation用の制限酵素サイト］の順でデザインした合成DNAをプロモーターの下流に挿入する。pBAsi ベクターのクローニングサイトは、上流側はBamH I、下流側は薬剤耐性遺伝子を含まない場合はXba I、Sse8387 I、Hind III、Sal I、Acc I、Hinc II、Pst I、Sph Iのいずれか、ピューロマイシン耐性の場合はXba I、Sse8387 I、Hind III、Pst Iのいずれか、ネオマイシン耐性の場合はXba I、Sse8387 I、Hind III、Sal I、Acc Iのいずれかを使用できる。
例えば、BamH I、Hind IIIに挿入する場合には、下図に示すような合成オリゴDNAを作製する（Top strandとBottom strandの2本； N部分が標的配列）。pol III系プロモーターの転写開始点はプリン塩基（GまたはA）が好ましいため、標的配列がGまたはAで始まらない場合は標的配列の前にGまたはAを挿入する。
ここではループ配列の例としてCTGTGAAGCCACAGATGGG（Boden et al. 参考文献 1)を挙げているが、GTGTGCTGTCC（Miyagishi et al. 参考文献 2)も有用であることが確認されている。また、これ以外のヘアピンループとして、Lee et al.(参考文献 3)、Paddison et al. (参考文献 4)、Paul et al.(参考文献 5)、Sui et al. (参考文献 6)らによってそれぞれ異なった配列が報告されている。
ターミネーター配列には、TTTTTT配列を用いる（Tが4つ続くとpol III系プロモーターによる転写が止まる）。siRNA配列と用いるヘアピンループ配列の組み合わせによってはTが4つ以上続く可能性があるため、合成DNAをデザインした後には必ず、Top strandにTが4つ以上続いていないことを確認することが必要である。