次世代シーケンサーを用いたメチル化シトシンシーケンス

DNAメチル化解析(NGS)

■お問い合わせ窓口

TEL:077-565-6999


お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 次世代シーケンサーにより網羅的にメチル化率の算出が可能
  • PCR増幅した特定ゲノム領域に絞った多検体解析も可能

概要

エピジェネティクス分野で注目されているDNAのメチル化は、遺伝子発現の制御機構として、発生/分化や疾患などの現象に大きく関わっています。
次世代シーケンサーを用いたゲノムワイドなDNAメチル化解析は、網羅的にメチル化シトシンを同定し、精度高くメチル化レベルを定量できる手法です。本解析では、少量のDNAから非メチル化シトシンをウラシルに変換後にシーケンスライブラリーを作製し、次世代シーケンサーによる配列取得後、参照配列へマッピングを行い、メチル化シトシンの同定、定量などを行います。
また、非メチル化シトシンをウラシルに変換後にPCRを行い、特定領域に絞った解析も可能です。領域を絞ることで網羅的解析後のバリデーションや、多検体ハイスループット解析にご利用いただけます。
■チラシをご覧ください。
メチル化DNA解析サービス

サービス内容

ゲノムDNAを提供いただき、非メチル化シトシンをウラシルに変換後、アダプターを付与したライブラリーを作製し、次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。
取得したシーケンスデータを参照配列にマッピングし、3種類のシトシン(CpG、CHH、CHG)ごとにメチル化率を算出します。アノテーション、比較解析等の下流解析は別途ご相談ください。

  • 納品データ例
    全ゲノムメチル化シーケンス解析
    <シトシンタイプ別にメチル化率をまとめたリスト>
    シトシンタイプ別にメチル化率をまとめたリスト

    特定領域バイサルファイトシーケンス解析
    • 作業報告書
    • シーケンスデータ 一式
    • メチル化解析結果 一式
    • メチル化率ヒートマップ

    納品データ例
    <メチル化率をまとめたリスト>
    メチル化率をまとめたリスト

    <メチル化率ヒートマップ>
    メチル化率ヒートマップ

    【オプションサービス】
    ・細胞・組織からのDNA抽出

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • マッピング結果一式
  • メチル化解析結果一式
    全シトシンサイトのメチル化リード数等をまとめたリスト(テキスト形式)
    シトシンタイプ別にメチル化率等をまとめたリスト(テキスト形式)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、-20 ℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • 参照配列情報
  • ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA
全ゲノム解析の場合
600 ng以上 10 ng/μl以上 1.6以上
ゲノムDNA
特定領域解析の場合
1 μg以上 10 ng/μl以上 1.6以上
組織・細胞(オプション)お問い合わせください。
  • 上記基準はヒトゲノムを解析する場合の値です。ゲノムサイズにより必要量が異なりますので別途お問い合わせください。
  • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
  • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

▲このページのトップへ