ターゲット融合遺伝子解析

• 解析目的に応じてターゲットを絞った解析と網羅的解析の2類の融合遺伝子解析サービスをご用意
• 未知の融合パートナー遺伝子の検出も可能
• FFPEなど臨床検体からの解析も可能
• ご希望の融合遺伝子について、カスタムパネルでの解析も可能

※SMART Fusion-Seq解析は、当社が国立大学法人大阪大学に設置した大阪大学大学院医学系研究科 先端ゲノム医療学共同研究講座 前田大地特任教授（常勤）らのグループとの共同研究の成果を活用して実施します。

1. SMART Fusion-Seq解析
   total RNAをお預かりし、SMART法を用いてcDNA合成を行い、Semi-nested PCRによりターゲットの濃縮を行います。Semi-nested PCRで増幅した産物を次世代シーケンサーでシーケンスを行い、融合遺伝子を検出します。
   組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です。
   解析結果では、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置等の情報を付与いたします。
   • SMART法を用いたcDNA合成
     SMART技術によるcDNA合成を行うことで、バイアスなく5'末端にアダプターを付与でき、かつ微量核酸（20～50 ng）やFFPEなど分解が進んだ検体からの解析が可能です。
     
   • Semi-nested PCRによるターゲット濃縮
     従来の両側特異的プライマーによるターゲット濃縮ではできなかった未知の融合パートナー遺伝子の検出が、Semi-nested PCR（片側ユニバーサル＋片側遺伝子特異的プライマー）を用いることで可能になります。
     
   • カスタムパネルでの解析
     上記15遺伝子の対象エキソン領域以外での融合遺伝子検出をご希望の場合、カスタムで特異的プライマーを設計し、その遺伝子とペアとなる融合遺伝子の検出が可能です。お問い合わせください。


2. RNA-Seq解析（Fusion Gene解析）
   total RNAを提供いただき、mRNA精製、断片化およびcDNA合成によりライブラリー作製を行います。NovaSeqなどの次世代シーケンサーを用いて、ペアエンドシーケンスを行い、fusion gene解析ソフトウェアにより融合遺伝子を検出します。組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です。
   解析結果は、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置、偽陽性スコア情報等を付与いたします。情報解析だけのご依頼も可能です。
   
   
   異なる遺伝子に対応する組み合わせを検出
   様々なパラメータから偽陽性判定

1. SMART Fusion-Seq解析
   ・作業報告書
   ・シーケンスデータ
   ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等
   
   【融合遺伝子候補の一覧結果例（Excel）】
   
   
   【融合遺伝子候補のin silico再評価結果例（html形式）】
   in silicoで検出された融合遺伝子候補結果を再評価し、確からしいリードを選抜してhtml形式で結果をまとめます。
   


2. RNA-Seq解析（Fusion Gene解析）
   ・作業報告書
   ・シーケンスデータ
   ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等
   
   【融合遺伝子候補の一覧結果例（Excel）】
   候補融合遺伝子について、確からしさとともに、位置情報やアノテーション情報などをまとめたリストを納品いたします。
   

• オンライン注文
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
  ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
  ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
  　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。


• メール注文
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • ターゲット融合遺伝子解析　発注依頼書（Excel）
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

• total RNA、血液、FFPE、組織など
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
  
  

  【total RNAの場合】

  メニュー	サンプル量	濃度	OD260/OD280、OD260/OD280
  1．SMART Fusion-Seq解析	130 ng以上	2.5 ng/μl以上	1.6以上
  2．RNA-Seq解析（Fusion Gene解析）	4 μg以上※	200 ng／μl以上	1.6以上

  ※微量サンプルの場合は、SMART-Seq解析での対応も可能です。
  
  ・RNAはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
  ・DNase処理を実施してください。
  ・ご送付いただいたRNAサンプルは受け入れ時に品質検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
  ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
  
  

  【血液、FFPE、組織等の臨床検体の場合】

  	サンプル量	保管・搬送温度	備考
  血液	2 ml	冷凍	・PAXgene RNA採血管またはEDTA/2NaまたはEDTA/2K採血管にて採血してください。 ・採血後の遠心分離は不要です。 ・ヘパリン入採血管を用いて採血された血液は、解析に影響を及ぼしますのでお避けください。 ・冷凍時は容器の破損を避けるため、なるべく緩やかに凍結させてください。 ・チューブ容量の1/2量以下となるようにしてください。
  FFPE	10 μm厚 7枚程度 （もしくは相当量）	冷蔵	・パラフィン切片を7枚ずつ1.5 mｌチューブに入れて送付してください。 ・ブロック検体は受付できません。 ・10％中性緩衝ホルマリンにて24時間以内の固定標本を推奨します。 ・作製から2年以内の標本を推奨します。 ・マイクロダイセクションには対応できません。
  組織	25 mg程度	冷凍	・検体は3～5 mm角片に刻んでください。 ・総量が200 mg以下となるようにしてください。 ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、－80℃で保存してください。 ・壊死部分を除去してください。がん検体の場合は、できるだけ正常部位を除去してください。
  培養 細胞	1×106 cells以上	冷凍	・細胞ペレットでご提供ください。 ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、－80℃で保存してください。

• 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
• ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
  詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
• お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。