Archer FusionPlexを用いてがんの発生や進行を司る様々な融合遺伝子を検出

融合遺伝子解析

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■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 バイオメディカルセンター 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-565-6981
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • がん組織の融合遺伝子解析ツールとして定評のあるArcher FusionPlexを採用
  • FFPEなど臨床検体から抽出したRNAが対象
  • 未知の融合パートナー遺伝子の検出も可能
  • カスタムパネルにより癌種ごとに重要なターゲットに絞った解析にも対応可能

概要

凍結組織やFFPEなどからtotal RNAを調製し、がん関連の臨床研究などで実績のある、Archer FusionPlexを用いて目的領域のエンリッチメント後、次世代シーケンサーによる解析を行い、融合遺伝子を高精度に複数同時に検出します。
次世代シーケンサーでのCAP-LAP認証を受けた弊社バイオメディカルセンターにて、臨床研究から、治験などの臨床試験にまで対応した試験を行います。

CAP:Collage of American Pathologists: 米国病理学会

サービス内容

供与検体(組織、細胞等)からtotal RNAの抽出を行い、Archer FusionPlexの既製パネルもしくはカスタムパネルを用いて目的領域のエンリッチメントを行います。
次世代シーケンサーを用いて大量のシーケンスを取得し、ターゲット遺伝子の発現パターンや配列情報から、専用ソフトフェアを用いて算出される変異(融合遺伝子の融合パターンおよび切断点, 一部パネルではSNVなどの遺伝子変異, 遺伝子発現量にも対応)の検出を行います。 既知の融合パターンはもちろん、共通配列を用いたPCRを行うため、未知の融合パートナー遺伝子の検出も可能です。

【作業の流れ】
融合遺伝子解析の作業の流れ


  • Archer FusionPlex 既製パネル (一部)
    Panel 遺伝子数 特徴
    Solid Tumor Kit 53 固形がんで頻出する融合遺伝子スクリーニングパネル
    Oncology Research Kit 75 固形がんの研究に適した融合遺伝子の網羅的解析用パネル
    CTL Kit 36 甲状腺がんや肺がんをターゲットにした包括的な融合遺伝子パネル
    ALK RET ROS v2 Kit 3 ALK, RET, ROS1を分子標的とする治療研究等に適したパネル
    Sarcoma Kit 26 軟部腫瘍をはじめ肉腫関連の融合遺伝子の検出に適したパネル
    Heme v2 Kit 87 造血器腫瘍の融合遺伝子のスクリーニングに最適なパネル
    Pan-Heme Kit 199 DLBCLのマーカーや免疫チェックポイント関連遺伝子を含む網羅性の高い造血器腫瘍スクリーニングパネル
    上記遺伝子数には、融合遺伝子のほか、SNV、遺伝子発現解析のターゲットを含むものもあります。
    その他パネルをご希望の場合は、お問い合わせください。

  • カスタムパネルでの解析
    ご希望の場合はお問い合わせください。


◆ 関連サービス
・Fusion Gene解析
・ターゲットリシーケンス
・がん遺伝子検査

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

受入サンプル

臨床検体送付時のお願い(PDF)
  • 血液、FFPE、組織及び核酸(ヒト由来検体のみ)
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    【血液、FFPE、組織等の臨床検体の場合】
      サンプル量 保管・搬送温度 備考
    血液 2 ml 冷凍 ・EDTA/2NaまたはEDTA/2K採血管にて採血してください。
    ・採血後の遠心分離は不要です。
    ・ヘパリン入採血管を用いて採血された血液は、解析に影響を及ぼしますのでお避けください。
    ・冷凍時は容器の破損を避けるため、なるべく緩やかに凍結させてください。
    FFPE 7 μm厚
    10枚程度
    (もしくは相当量)
    冷蔵 ・パラフィン切片を5枚ずつ1.5 mlチューブに入れて送付してください。
    ・ブロック検体は受付できません。
    ・10%中性緩衝ホルマリンにて24時間以内の固定標本を推奨します。
    ・作製から2年以内の標本を推奨します。
    ・マイクロダイセクションには対応できません。
    組織 25 mg程度 冷凍
    (採取日より
    6ヵ月以内)
    ・検体は3~5 mm角片に刻んでください。
    ・総量が200 mg以下となるようにしてください。
    ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃で保存してください。
    ・正常部位や壊死部分を除去してください。
    培養
    細胞等
    別途ご相談


  • 核酸
    【核酸の場合】
    核酸種別 サンプル量 濃度
    total RNA 300 ng以上 12.5 ng/μl以上
    ・RNAはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・ご送付いただいたRNAサンプルは受け入れ時に品質検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等

【解析結果例】
・Fusion Gene結果一覧(エクセル形式)
・Fusion Geneレポート(HTML形式)
・Archer Analysis レポート(PDF形式)

【Fusion Gene レポート例:サンプル情報 (HTML)】


【Fusion Gene レポート例:融合遺伝子の一覧(HTML)】



【Archer Analysis レポート例 (PDF)】

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

  • 供与検体が臨床検体組織の場合
    • ヒト組織、細胞、体液等を送付いただく場合、解析実施の前に、取り扱い可能な検体であることを確認した上で作業を行っております。 ヒト組織等の臨床検体のお取り扱いについてを確認いただき、必要に応じて「臨床検体サンプルに関する情報提供用紙」にご記入の上、解析前に所定用紙を弊社へご送付ください。

  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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