PrimeSTAR®シリーズの基本的な特長

PrimeSTARシリーズと各種PCR 酵素との正確性の比較

【方法】GCリッチで比較的変異の入りやすいTthゲノムDNAを鋳型として任意に選択した10種類の領域をPCR増 幅後、それぞれベクターにクローニングし、各配列について複数クローンをピックアップしてシーケンシングを 行い塩基配列を確認し、エラー率を算出した。
正確性の比較

基本性能

酵素GC or ATリッチ
配列の増幅
伸長スピードダイナミックレンジ増幅鎖長の目安
(ヒトゲノムDNA)
PCR産物
末端形状
Hot Start
PrimeSTAR HS★★★★★★★≦8.5 kb平滑
(抗体を利用)
PrimeSTAR Max★★★★★★★★★★★(★)≦6 kb
PrimeSTAR GXL★★★★★★★★★(★)**★★★★★≦30 kb

**
伸長時間を長めに設定(1分/kb)することで持ち込み可能な鋳型量を増やすことができる。
酵素を2倍量使用することで10秒/kbの高速反応が可能である。


各種PCR 酵素のリピート配列に対する正確性

【方法】 - (GA)8 - のリピート配列を含む500 bpの領域(λDNA 由来の配列にリピート配列を挿入)を各種酵素でPCR増幅後ベクターにクローニングし、複数クローンをピックアップして配列決定することによりリピート配列に生じるエラーを解析した。

リピート配列-(GA)8-                                     (弊社比較データ)
 Clone数Mutation変異数変異率
-2(GA)-1(GA)+1(GA)
Taq DNA Polymerase
261
3
21
2
26
10.00%
PrimeSTAR HS
250
5
25
2
32
12.80%
PrimeSTAR Max
201
0
5
0
5
2.49%
PrimeSTAR GXL
167
0
4
0
4
2.40%
A社酵素1(α型)
131
2
15
1
18
13.74%
A社酵素2(α型)
172
2
15
9
26
15.12%

酵素のスリッピングによるリピート配列の複製エラーは、校正活性(3’-5’exonuclease 活性)では修復できない。
したがって校正活性を持ち高正確性を謳うα型DNA polymeraseであっても、リピート配列複製の正確性は校正活性を持たないTaq DNA polymeraseに比べ て優れているとは限らない。
伸長因子によりProcessivityが大きく向上しているPrimeSTAR MaxとPrimeSTAR GXLは、リピート配列に
対する正確性が優れていました。

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