トランスジーンの挿入位置同定

遺伝子導入された細胞や動物の安全性評価や品質確認に

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特長

  • ロングリードシーケンサーを用いたゲノムワイドなシーケンスにより、トランスジーンの挿入位置および挿入パターンを解析
  • トランスジェニック動物やノックイン細胞の解析に最適
  • ショートリードシーケンサーを用いてより安価に挿入位置確認も可能

概要

ウイルスベクターを用いて製作されたiPS細胞の安全性評価、トランスジェニックマウスのトランスジーン挿入位置同定による品質確認、CHO細胞のトランスジーン挿入位置同定による生産性評価、モバイルエレメントの挿入位置同定による育種研究などに有効です。
ロングリードシーケンサーPacBio Sequel II(パシフィックバイオサイエンス社)を用いた解析により、挿入位置だけでなく繰り返し配列の多い複雑な挿入パターンや挿入配列を解析します。また、ショートリードシーケンサーNovaSeq 6000システム(イルミナ社)を用いた挿入位置のみの特定も可能です。

サービス内容

<トランスジーンの挿入位置同定 ロングリード>
30~50 kb程度に断片化したゲノムDNAからライブラリーを調製し、ロングリードシーケンサーSequel IIを用いて全ゲノムシーケンスを行います。取得したデータは挿入配列へマッピングし、そのマッピングされたリードをホストゲノム配列+挿入配列にマッピングします。次に、ホストゲノム配列および挿入配列にスプリットされたリードを抽出し、挿入位置特定および挿入位置周辺のコンセンサス配列作成を行います。挿入領域全長が20 kb以下の場合は、全長配列取得、コピー数同定あるいは配列の挿入パターン評価が可能です。挿入領域長が20 kbを超える場合は別途ご相談ください。
全ゲノムシーケンス
  • ブレイクポイントの検出結果例
    挿入領域の特定を行うため、挿入配列に対してマッピングを行い、挿入配列を含むリードの抽出を行います。抽出された「挿入領域にマップされたリード」を用いて「参照配列+挿入配列」に対するマッピングを行い、ブレイクポイントを検出します。
    ブレイクポイントの検出結果例
  • コンセンサス配列へのマッピング例
    検出されたブレイクポイントごとに参照配列と挿入配列をまたぐ形でマップされたリードを分類し、ブレイクポイント付近のコンセンサス配列を構築後、挿入配列、およびブレイクポイントで分割したリファレンス配列をマッピングします。
    コンセンサス配列へのマッピング例

<トランスジーンの挿入位置同定 ショートリード>
300~600 bp程度にランダムに断片化したゲノムDNAからライブラリーを調製し、イルミナ社次世代シーケンサーを用いて全ゲノムシーケンスを実施いたします。取得したデータは挿入配列と参照ゲノム配列へマッピングし、両方にマッピングされたリード情報(Discordant reads [d])およびブレイクポイントをまたぐリード情報(Split reads [s])から挿入位置を検出、挿入位置の情報を納品いたします。

トランスジーンの挿入位置同定 ショートリード

  • トランスジーン挿入図
    トランスジーン挿入図
  • 検出可能なトランスジーン挿入情報
      ショートリード ロングリード
    ブレイクポイント検出
    挿入配列構築、パターン特定 × *
    * 挿入領域長20 kbを超える場合は挿入位置付近の配列構築、パターン特定となります。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • マッピング結果
  • ブレイクポイントの検出結果
  • コンセンサス配列(ロングリードの場合のみ)

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
     また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には、ロングリード用サンプルは保冷剤梱包の冷蔵便(4℃)で、ショートリード用サンプルは-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • 参照ゲノム配列や挿入遺伝子配列および導⼊⽅法の情報
  • ゲノムDNA
    極力ホモ個体より得られたサンプルをご用意ください。
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ロングリード 20 μg以上 70 ng/μl以上 100 μl以上 1.6以上
    ショートリード 4 μg以上 80 ng/μl以上 50 μl以上 1.6以上

    DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    ロングリードでの解析の場合、DNA抽出は長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵(4℃)で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kb以上に明確なバンドが検出され、低分⼦の混⼊および分解がないことをご確認ください。
    上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■サンプル送付容器について
・ゲノムDNAサンプルは1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
 ショートリードシーケンス 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

<推奨プレートおよびシール>
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

ご留意事項

供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。