全ゲノムシーケンス解析によるヒト幹細胞セル・バンクのゲノム安定性試験

ヒト細胞加工製品の製造に使用される細胞株は、細胞増殖の過程で変異を蓄積します。特にがん原遺伝子の変異は懸念すべきであり、FDA（アメリカ食品医薬品局）から2024年4月にヒト細胞由来セルバンクの安全性試験に関するドラフトガイダンス（Safety Testing of Human Allogeneic Cells Expanded for Use in Cell-Based Medical Products）が発行されています。このガイダンスでは、マスターセルバンクの安全性試験項目の1つとして、下記条件による全ゲノムシーケンス解析が推奨されています。

• 少なくともシーケンス冗長度（Sequencing depth）50以上にてがん関連遺伝子変異を解析すること
• ゲノム編集により製造されたマスターセルバンクの場合は、少なくともシーケンス冗長度50以上にてオフターゲット、オンターゲット位置、ベクター挿入の同定、および変異解析を実施すること

タカラバイオでは、NovaSeqシステム（ショートリード）もしくはRevioシステム（ロングリード）を用いた全ゲノムシーケンス解析によるヒト細胞由来セルバンクのゲノム安定性試験をご提供します。

（基本仕様）

• 試験計画書作成
• ゲノムDNA抽出
• ライブラリー作製
• 全ゲノムシーケンス（シーケンス冗長度：50以上※）
• ショートリードシーケンスの場合：NovaSeqシステム 300 Gb／検体
• ロングリードシーケンスの場合：Revioシステム　2.5セル／検体
• ゲノム変異解析（SNV, short indel）、構造多型解析（SV）、コピー数異常解析（CNV）
• がん関連遺伝子情報の付与（SNV, short indel, SV, CNV）
• COSMIC cancer database、shibata list、ClinVar（NCBI）に登録のある遺伝子情報をゲノム変異解析結果、構造多型解析結果に付与する。
• マスターセルバンク特異的ながん関連遺伝子上の変異抽出（SNV, short indel, SV, CNV）
• 最終報告書作成

※シーケンス冗長度50以上は基本仕様です。実際の検出性能は、細胞集団の均一性、目的とする変異種別（SNV, indel, SV, CNV）、および検出対象の存在割合に依存するため、ヘテロな細胞集団や低頻度変異の評価では、追加のシーケンスデータ量や補完的解析をご提案する場合があります。

（オプション）

• 挿入遺伝子の挿入位置解析（ロングリードシーケンスのみ）、オフターゲット領域解析

• 試験計画書、最終報告書
• シーケンスデータ一式
• マッピング結果ファイル一式
• ゲノム変異解析結果、構造多型解析結果、コピー数異常解析結果ファイル
• 最終レポート（マスターセルバンク特異的ながん関連遺伝子上の変異）


最終レポート例（ゲノム変異解析）







変異塩基情報 アノテーション情報1 がん関連遺伝子情報 アノテーション情報2
変異判定結果（RCB） 変異判定結果（MCB） 変異判定結果の
信頼度（RCB）
(信頼度が高い結果を出力) 変異判定結果の
信頼度（MCB）
(信頼度が高い結果を出力) 参照配列（※）と比較したときに
「変異無し判定"0/0"」 参照配列（※）と比較したときに
「ホモ変異判定"1/1"」 RCBとMCBで結果が異なる
変異結果を出力 ※公共データベースに登録されているヒト参照配列

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
• ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

• 参照配列情報
• 細胞、ゲノムDNA

※細胞数やDNAサンプル量については別途ご相談ください。