クロマチン解析は、DNAとヒストンなどのタンパク質から構成されるクロマチンの構造や状態を解析し、遺伝子発現制御の仕組みを明らかにする手法です。
ATAC-SeqやChIP-Seqなどを用いて、転写因子の結合部位やヒストン修飾、クロマチンの開閉状態を網羅的に解析することで、転写因子を中心とした遺伝子制御ネットワークや、細胞状態・疾患に伴うエピジェネティックな変化を高解像度で理解することが可能です。
特長
- ATAC-Seqでは、クロマチンアクセシビリティの変化を高解像度で評価し、活性エンハンサー領域の同定が可能
- ChIP-Seqでは、転写因子のゲノム上の結合部位やヒストン修飾を網羅的に解析し、遺伝子発現制御に関わるクロマチン状態の変化をゲノムワイドに可視化可能
- 細胞種や条件間の比較解析により、疾患や刺激応答に伴うエピジェネティックな制御変化を解析可能
- 複数オミクスデータ（RNA-Seq等）との統合解析により、転写制御の因果関係を多層的に解釈可能
- Active Motif社での解析で、検体調製からシーケンス、バイオインフォマティクス解析まで一貫したワークフローを提供
サービス内容
【サービス内容一覧】
| アプリケーション | 解析対象 | 特長 | 主な用途 | |
|---|---|---|---|---|
| クロマチンアクセシビリティ | ATAC-Seq解析 | クロマチンアクセシビリティ （開いたDNA領域） |
Tn5トランスポゼースで開いた領域を切断・タグ付け | エンハンサー予測、転写制御領域解析 |
| タンパク質-DNA相互作用解析 | ChIP-Seq解析 | DNA結合タンパク質 （転写因子・ヒストン修飾） |
抗体で免疫沈降してDNAを回収 | 転写因子の結合部位解析、ヒストン修飾マッピング |
| CUT&RUN解析 | DNA結合タンパク質 （おもに転写因子） |
抗体＋MNaseで近傍DNAを切断・回収 | 転写因子の結合部位解析、少量細胞解析 | |
| CUT&Tag解析 | DNA結合タンパク質 （おもにヒストン修飾） |
抗体＋Tn5トランスポゼースでその場でタグ付け | ヒストン修飾マッピング、少量細胞解析 | |
| TIP-ChIP解析 | DNA結合タンパク質 | ChIPとTn5トランスポゼース技術の融合系 | 少量細胞、多検体のChIP-Seq解析 | |
| DNA-RNAハイブリット構造解析 | R-loop解析 | DNA-RNAハイブリッド構造 （R-loop構造） |
S9.6抗体でR-loopを検出 | 転写ストレス、ゲノム不安定性解析 |
| 3Dゲノム構造解析 | Hi-C解析 | 3Dゲノム構造 （染色体相互作用） |
クロスリンク＋近接ライゲーション | 染色体高次構造、TADやLoop解析 |
＜クロマチンアクセシビリティ＞
ATAC-Seq解析
組織、未固定の培養細胞を送付いただき、Tn5トランスポゼースによる網羅的なオープンクロマチン領域解析を行います。マッピング結果は、UCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。
＜タンパク質-DNA相互作用解析＞
ChIP-Seq解析
組織、培養細胞を送付いただき、クロマチン免疫沈降（ChIP-Seq）を行います。バリデーション済み抗体も多数ご用意しております。マッピング結果は、UCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。
CUT&RUN／CUT&Tag解析
ChIP-Seqと比べて少ない検体量に対応し、低バックグラウンドで高解像度なピークを検出します。
TIP-ChIP解析
最大96検体分のChIP-Seq解析をハイスループットで実施できるよう開発された次世代ChIP技術です。複数検体を同一反応系で処理することで、技術的ばらつき（バッチ効果）を低減します。
＜DNA-RNAハイブリット構造解析＞
R-loop解析
DNA-RNAハイブリッド構造（R-loop）領域をゲノムワイドに解析します。CUT&Tag解析法を利用しているため、少ない検体量で高感度な解析が可能です。
＜3Dゲノム構造解析＞
Hi-C解析
染色体間および遠位ゲノム領域の相互作用を解析し、核内三次元ゲノム構造を可視化します。Topologically Associating Domains（TAD）やクロマチンループの同定、遺伝子発現制御に関わるエンハンサー・プロモーターの構造評価に利用可能です。
■サービス詳細は技術資料をご覧ください（閲覧にはWEB会員ログインが必要です）。
■チラシをご覧ください。
ATAC-Seq解析／ChIP-Seq解析
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
納品物
- Summary Report
- シーケンスデータ（fastq）
- マッピング情報（bam）
- 解析結果（Excel）一式
- ゲノムブラウザ用トラックデータ（bigWig）等
ご注文方法
お見積りをご用意いたしますので、事前にお問い合わせください。
- 依頼書送付
・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。
・その他の必要書類、検体送付方法を営業担当よりご連絡します。
・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
- 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
-
ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
- 検体送付
・担当者より検体送付先をご案内します。事前に検体送付予定をご連絡ください。
・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
受入検体
ご留意事項
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ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。 |
| ・ | お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。 |
| ・ | 解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。 |
- 注意事項
- 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
- 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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