専用装置不要の全トランスクリプトーム空間解析用試薬
- 凍結組織からの全トランスクリプトーム空間解析
- DNAバーコード付きのビーズでmRNAをキャプチャー
- 1細胞に近い解像度で全ての遺伝子が解析対象
- NGS以外の専用装置やプローブセット不要
- Broad Instituteで開発されたSlide-seq v2［1］［2］がベース
[1] Science Vol 363, Issue 6434 pp. 1463-1467 (2019).
[2] Nature Biotechnology Vol 39, pp. 313-319 (2021).
※Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）の容量は、Seeker 10x10 Bundle（製品コード SK003）のタイルであれば5枚分、Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）のタイルであれば40枚分の試薬が入っています。
[2] Nature Biotechnology Vol 39, pp. 313-319 (2021).
※Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）の容量は、Seeker 10x10 Bundle（製品コード SK003）のタイルであれば5枚分、Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）のタイルであれば40枚分の試薬が入っています。
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製品説明
Seekerは、1細胞に近い解像度での全トランスクリプトーム空間解析を可能にする試薬です。
本製品は、空間位置情報配列（Spatial barcode）およびmRNAキャプチャー配列を持つビーズ（直径10 µm）がスライドに単層に敷き詰められており、このスライド上に凍結切片を載せることで組織中のmRNAをビーズで捕捉します。ビーズを回収し位置情報を含むcDNAライブラリーを調製、イルミナ社次世代シーケンサーでシーケンス後、専用ソフトで解析することで、高解像度の空間遺伝子発現マップを構築することが可能です。
poly Aを持つ全トランスクリプトームを対象にNGS解析を行うため、あらゆる真核生物の新鮮凍結組織から解析でき、空間解析専用の装置は不要で既存のシーケンスワークフローを組み合わせて使用可能な製品です。
図1．Seeker Tile概略図
図2．ワークフロー
図3．バイオインフォマティクスパイプラインのワークフロー
Seekerで調製したライブラリーから生成されたfastqファイルをもとに、位置情報と遺伝子発現を解析可能。
＊1 Tile SlideのQRコードより入手可能
＊2 クラウド版（有償）およびローカル版（無償）の両方を提供
本製品は、空間位置情報配列（Spatial barcode）およびmRNAキャプチャー配列を持つビーズ（直径10 µm）がスライドに単層に敷き詰められており、このスライド上に凍結切片を載せることで組織中のmRNAをビーズで捕捉します。ビーズを回収し位置情報を含むcDNAライブラリーを調製、イルミナ社次世代シーケンサーでシーケンス後、専用ソフトで解析することで、高解像度の空間遺伝子発現マップを構築することが可能です。
poly Aを持つ全トランスクリプトームを対象にNGS解析を行うため、あらゆる真核生物の新鮮凍結組織から解析でき、空間解析専用の装置は不要で既存のシーケンスワークフローを組み合わせて使用可能な製品です。
図1．Seeker Tile概略図
Seekerで調製したライブラリーから生成されたfastqファイルをもとに、位置情報と遺伝子発現を解析可能。
＊1 Tile SlideのQRコードより入手可能
＊2 クラウド版（有償）およびローカル版（無償）の両方を提供
| Seeker 3x3 Bundle V1.1 | Seeker 10x10 Bundle | |
| 製品コード | SK004 | SK003 |
| 用途 | 全トランスクリプトーム空間解析 | |
| 解像度 | 10 μm | |
| サンプルタイプ | 新鮮凍結組織（Fresh frozen） | |
| タイルサイズ | 3 mm×3 mm | 10 mm×10 mm |
| 所要時間／ハンズオンタイム | 8時間／2.5時間 | 8時間／2.5時間 |
| 推奨シーケンス量※ | 2～6億リードペア | 10～30億リードペア |
| 必要な試薬 |
|
|
Seekerバイオインフォマティクスパイプラインの結果には、クラスタリング結果、UMAP（次元削減）結果、空間マップ（パネルA：マウス海馬、3 mm×3 mmタイル、パネルB：マウス全脳、10 mm×10 mmタイル）等が含まれる。
内容
Seeker 10x10 Bundle（製品コード SK003）
Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）
Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）
－Index Primer F1
－Index Primer F2
－Index Primer F3
－Index Primer F4
－Index Primer F5
－Index Primer R1
－Index Primer R2
－Index Primer R3
－Index Primer R4
－Index Primer R5
- Package 1 Seeker 10x10 Tiles
－Seeker 10x10 Tile - Package 2 Seeker Reagent Box 1
－Hyb Buffer
－TC Buffer
－Nuclease-free Water
－Bead Wash Buffer - Package 3 Seeker Reagent Box 2
－RNase Inhibitor
－RT/SS Buffer
－dNTP
－RT Enzyme
－TC Enzyme
－SS Primer
－SS Enzyme
－cDNA Amp Buffer
－cDNA Amp Primer Mix
－cDNA Amp Enzyme
－TE - Package 4 CryoCube
- Package 5 Seeker 10x10 Reaction Chamber Pouch
Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）
- Package 1 Seeker 3x3 Tiles
－Seeker 3x3 Tile v1.1 - Package 2 Seeker Reagent Box 1
－Hyb Buffer
－TC Buffer
－Nuclease-free Water
－Bead Wash Buffer - Package 3 Seeker Reagent Box 2
－RNase Inhibitor
－RT/SS Buffer
－dNTP
－RT Enzyme
－TC Enzyme
－SS Primer
－SS Enzyme
－cDNA Amp Buffer
－cDNA Amp Primer Mix
－cDNA Amp Enzyme
－TE - Package 4 CryoCube
Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）
－Index Primer F1
－Index Primer F2
－Index Primer F3
－Index Primer F4
－Index Primer F5
－Index Primer R1
－Index Primer R2
－Index Primer R3
－Index Primer R4
－Index Primer R5
保存
Seeker 10x10 Bundle（製品コード SK003）
Package 1：4℃
Package 2、5：室温
Package 3：－20℃
Package 4：－80℃
Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）
Package 1：4℃
Package 2：室温
Package 3：－20℃
Package 4：－80℃
Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）
－20℃
Seeker Reaction Chamber Adapter（製品コード TJ002）
室温
Package 1：4℃
Package 2、5：室温
Package 3：－20℃
Package 4：－80℃
Seeker 3x3 Bundle V1.1（製品コード SK004）
Package 1：4℃
Package 2：室温
Package 3：－20℃
Package 4：－80℃
Seeker Dual Indexing Primer Kit v2（製品コード K006）
－20℃
Seeker Reaction Chamber Adapter（製品コード TJ002）
室温
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- 注意事項
- 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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