Trekker® Single-Cell Spatial Mapping Kit

真のシングルセル空間トランスクリプトーム解析用試薬
  • シングルセルデータに位置情報を付与した解析
  • DNAバーコードで核をタグ付けすることで、セグメンテーションなしで正確な空間解析が可能
  • 既存シングルセル解析システムのワークフローに適応
  • 空間解析装置不要＊
    ＊ シングルセル解析、NGS工程の装置は必要です
  • Broad Instituteで開発されたSlide tags［1］をベース技術とする
2026年2月弊社出荷分より、Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）について以下を変更・改訂しました。
  1. 試薬構成品
  2. 対応トレーニングキット
  3. プロトコールおよびユーザーマニュアル
変更内容の詳細はこちらのPDFよりご確認ください。
製品コード メーカー
略称		 製品名 容量 価格（税別） 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報		 参考資料 カート
Takara Code
SK017

CLN

Clontech
 Trekker® U 10x10 Bundle
取寄 ライセンス
4回 ￥2,500,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
CU0027
SK014

CLN

Clontech
 Trekker® 5C 10x10 Bundle
NEW 取寄 ライセンス
4回 ￥2,500,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
CU0026
SK027

CLN

Clontech
 Trekker® Q 10x10 Bundle
NEW 取寄 ライセンス
4回 ￥2,500,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
CU0052
SK031

CLN

Clontech
 Trekker® 10x10 Training Kit Bundle V2
NEW 取寄 ライセンス
2回 ￥210,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
CU0054
K011

CLN

Clontech
 Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp)
取寄
1 Kit ￥375,000
 個
CU0046
[1] Nature Vol 625, pp. 101-109 (2024).
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製品説明

Trekkerはシングルセルデータに位置情報を付与した解析が可能な、真のシングルセル空間トランスクリプトーム解析用試薬です。
本製品は空間位置情報配列（Spatial barcode）を有したDNAバーコードを結合させたビーズ（直径10 µm）がスライドに単層に敷き詰められており、このスライドに解析対象の凍結切片を配置し細胞とビーズを接触させます。DNAバーコードはUV照射によりビーズから遊離し近傍の核に浸透するため、核一つ一つに直接位置情報を付与することが可能です。その後、核を抽出し単一核RNAシーケンス（Single-nucleus RNA sequencing：snRNA-Seq）によりシングルセルに分画、シーケンスライブラリーを調製しシーケンサーにかけ、専用ソフトで解析することで個々の核由来の遺伝子発現情報と位置情報を合わせて高感度な遺伝子発現マップの構築が可能となり、真のシングルセル空間解析を実現します。

下流のシングルセル解析プラットフォームに応じて、タイルの種類をTrekker U、Q、5Cの３種類から選択できます。対応するシングルセル解析プラットフォームは表2をご確認ください。
各タイルについているDNAバーコードは、対応するシングルセル解析プラットフォーム用に最適化されています。

Trekker 10x10 Training Kit Bundle V2（製品コード SK031）は切片の貼付け、核抽出まで実験できるトレーニング用のキットです。本番用キット（製品コード SK017、SK014、SK027）をご購入いただく前に、このトレーニングキットでご自身のサンプルがうまくワークするかお試しいただくことをおすすめします。
※トレーニングキットではsnRNA-Seqには進めませんのでご注意ください。

　
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Trekker tile概略図
図1．Trekker tile概略図

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ワークフロー
図2．ワークフロー
核を位置情報付きDNAバーコードでタグ付けすることで、シングルセルの正確な空間解析が可能となり、組織内の細胞の位置情報をシングルセルデータに反映することができる。
表1．製品の仕様
空間解析の解像度シングルセル
サンプルタイプ新鮮凍結組織（Fresh frozen）
タイルサイズ10 mm×10 mm
必要な設備Cryostat、シングルセル解析プラットフォーム、次世代シーケンサー
作業時間核抽出まで1時間＋シングルセル解析

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表2. アプリケーションおよび下流プラットフォームの対照表
アプリケーション下流解析ライブラリー調製プロトコールTrekkerの種類
空間3’遺伝子発現解析10x Chromium 3′ RNA, v3.1, v4Trekker Library Preparation with 10x Chromium 3′ Reagent Kit Protocol-At-A-GlanceTrekker U
BD Rhapsody WTATrekker Library Preparation with BD Rhapsody WTA Kit Protocol-At-A-GlanceTrekker U
Illumina Single Cell 3’ RNA PrepTrekker U Library Preparation with Illumina Single Cell 3’ RNA Prep Kits Protocol-At-A-GlanceTrekker U
Parse Evercode WT v3Trekker Q Library Preparation with Parse Evercode WT v3 Kits Protocol-At-A-GlanceTrekker Q
空間5’遺伝子発現解析10x Genomics Universal 5' Gene ExpressionTrekker Library Preparation with 10x Chromium 5' Protocol-At-A-GlanceTrekker 5C
Trekker 5Cと10x Flexによる空間遺伝子発現解析10x Single Cell Flex Multiplex with Feature BarcodingTrekker 5C Library Preparation with 10x Flex User Guide (User demonstrated)Trekker 5C
空間免疫プロファイリングBD Rhapsody Single-Cell TCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome AnalysisTrekker Library Preparation with BD Rhapsody scTCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome Analysis User Guide (User demonstrated)Trekker U
空間エピゲノミクスBD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA Whole Transcriptome Analysis Trekker U Library Preparation with BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA WTA Kit Protocol-At-A-GlanceTrekker U
10x Genomics Epi Multiome ATAC + Gene ExpressionTrekker U Library Preparation with 10x Multiome Kit Protocol-At-A-GlanceTrekker U

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表3. 組織切片の調製との組織分離のプロトコール一覧
組織の保存方法組織タイププロトコール
凍結組織新鮮組織の採取・保存およびクライオスタットによる切片作製Trekker and Seeker Preserving and Sectioning Tissue Protocol-At-A-Glance
FFPEホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）されたヒトおよびマウス組織の処理および切片作製Trekker FX Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual　Section VI参照
プロトコールタイプ組織タイププロトコール
Standard 非線維性哺乳類組織
まずは本プロトコールでの最適化を推奨。		Trekker ユーザーマニュアルのSection V.A–V.D を参照：
Trekker U Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual
Trekker Q Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual
Trekker 5C Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual
Neuronal ミエリン除去が必要な神経組織Trekker Neuronal Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance
その他腫瘍組織、多くの線維性組織（心筋や骨格筋などを含む）、または標準プロトコール（Standard）で分散が困難な組織Trekker Tissue Dissociation for Difficult-to-Dissociate Tissue Types Protocol-At-A-Glance

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Trekkerを使用した胚発生11日目（E11）のマウス胚からの核の空間解析
図3．Trekkerを使用した胚発生11日目（E11）のマウス胚からの核の空間解析
E11マウス胚由来の25 µm組織切片をTrekkerタイル（10 mm×10 mm）に供し、57,545個の核の空間解析を行った。
(A) Trekkerを使用した核の空間マップ。各点は単一の核を表している。
(B) 隣接する組織切片のHE染色画像。
(C) STalign（画像と遺伝子発現を結びつけるツール）によるHE画像とTrekker空間マップの重ね合わせ画像。
(D) シングルセル解析から得られたUMAP。各点は図Aの点に1対1に対応している。
(E) 5種類の遺伝子（Gm3764、Rtn1、Cpox、Dnm3os、Gata3）に関して空間上の発現パターンを示した画像。

内容

Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）
  • Package 1　 Trekker U 10x10 Tiles
    －Trekker U 10x10 Tiles　　4 Tile
  • Package 2　 Trekker Reagent Box 1
    －Nuclei Isolation Buffer
    －Nuclei Wash Buffer
    －BSA
  • Package 3　 Trekker 10x10 Reagent Kit
    －RNase Inhibitor
  • Package 4　 Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
    －Masking Stickers　　6 Each
  • Package 5　 Trekker 10x10 Wash Chambers
    －Wash Chambers　　4 Each
  • Package 6　 Trekker 10x10 O-Rings
    －O-Ring　　6 Each

Trekker 5C 10x10 Bundle（製品コード SK014）
  • Package 1　 Trekker 5C 10x10 Tiles
    －Trekker 5C 10x10 Tiles　　4 Tile
  • Package 2　 Trekker Reagent Kit
    －RNase Inhibitor
    －Nuclei Isolation Buffer V2
    －BSA
  • Package 3　 Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
    －Masking Stickers　　6 Each
  • Package 4　 Trekker 10x10 Wash Chambers
    －Wash Chambers　　4 Each
  • Package 5　 Trekker 10x10 O-Rings
    －O-Rings　　6 Each

Trekker Q 10x10 Bundle（製品コード SK027）
  • Package 1　 Trekker Q 10x10 Tiles
    －Trekker Q 10x10 Tiles　　4 Tile
  • Package 2　 Trekker Reagent Box 1 V2
    －Nuclei Isolation Buffer V2
    －BSA
  • Package 3　 Trekker 10x10 Reagent Kit
    －RNase Inhibitor
  • Package 4　 Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
    －Trekker 10x10 Tile Masking Stickers　　6 Each
  • Package 5　 Trekker 10x10 Wash Chambers
    －Trekker 10x10 Wash Chamber　　4 Each
  • Package 6　 Trekker 10x10 O-Rings
    －Trekker 10x10 O-Rings　　6 Each

Trekker 10x10 Training Kit Bundle V2（製品コード SK031）
  • Package1　10x10 Training Tiles
    －10x10 Training Tiles　　2 Tiles
  • Package2　Trekker Reagent Box 1 V2
    －Nuclei Isolation Buffer v2
    －BSA
  • Package3　Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
    －Masking Stickers　　6 Each
  • Package4　Trekker 10x10 Wash Chambers
    －Wash Chambers　　4 Each
  • Package5　Trekker 10x10 O-Rings
    －O-Rings　　6 Each

Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)（製品コード K011）
  • UV lamp
  • UV lamp driver
  • UV lamp power supply
  • UV lamp holder

保存

Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）
Package 1、2：4℃
Package 3：ー20℃
Package 4、5、6：室温

Trekker 5C 10x10 Bundle（製品コード SK014）
Package 1：4℃
Package 2：－20℃
Package 3、4、5：室温

Trekker Q 10x10 Bundle（製品コード SK027）
Package 1、2：4℃
Package 3：－20℃
Package 4、5、6：室温

Trekker 10x10 Training Kit Bundle V2（製品コード SK031）
Package1、2：4℃
Package3、4、5：室温

Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)（製品コード K011）
室温

Application

肝細胞癌におけるシングルセル解析を用いた空間トランスクリプトーム解析

関連製品・受託

Seeker™ Spatial Transcriptomics Kit
空間トランスクリプトーム解析（シングルセル空間マッピング）
空間トランスクリプトーム解析（全トランスクリプトーム空間解析）

注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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