Trekker™ Single-Cell Spatial Mapping Kit

Trekkerはシングルセルデータに位置情報を付与した解析が可能な、真のシングルセル空間トランスクリプトーム解析用試薬です。
本製品は空間位置情報配列（Spatial barcode）を有したDNAバーコードを結合させたビーズ（直径10 µm）がスライドに単層に敷き詰められており、このスライドに解析対象の凍結切片を配置し細胞とビーズを接触させます。DNAバーコードはUV照射によりビーズから遊離し近傍の核に浸透するため、核一つ一つに直接位置情報を付与することが可能です。その後、核を抽出し単一核RNAシーケンス（Single-nucleus RNA sequencing：snRNA-Seq）によりシングルセルに分画、シーケンスライブラリーを調製しシーケンサーにかけ、専用ソフトで解析することで個々の核由来の遺伝子発現情報と位置情報を合わせて高感度な遺伝子発現マップの構築が可能となり、真のシングルセル空間解析を実現します。

Trekker 10x10 Training Kit Bundle（製品コード SK020）は切片の貼付け、核抽出まで実験できるトレーニング用のキットです。Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）をご購入いただく前に、このトレーニングキットでご自身のサンプルがうまくワークするかお試しいただくことをおすすめします。
※トレーニングキットではsnRNA-Seqには進めませんのでご注意ください。



図1．Trekker tile概略図

図2．ワークフロー
核を位置情報付きDNAバーコードでタグ付けすることで、シングルセルの正確な空間解析が可能となり、組織内の細胞の位置情報をシングルセルデータに反映することができる。

表1．製品の仕様

空間解析の解像度	シングルセル
サンプルタイプ	新鮮凍結組織（Fresh frozen）
タイルサイズ	10 mm×10 mm
必要な設備	Cryostat、シングルセル解析プラットフォーム、次世代シーケンサー
作業時間	核抽出まで1時間＋シングルセル解析

表2. シングルセル解析システムとの互換性

互換性確認済み	Chromium Universal 3' (v3.1, v4) BD Rhapsody Whole Transcriptome Analysis (WTA) Amplification Kit
ユーザー実績あり	BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA Whole Transcriptome Analysis BD Rhapsody Single-Cell TCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome Analysis

図3．Trekkerを使用した胚発生11日目（E11）のマウス胚からの核の空間解析
E11マウス胚由来の25 µm組織切片をTrekkerタイル（10 mm×10 mm）に供し、57,545個の核の空間解析を行った。
(A) Trekkerを使用した核の空間マップ。各点は単一の核を表している。
(B) 隣接する組織切片のHE染色画像。
(C) STalign（画像と遺伝子発現を結びつけるツール）によるHE画像とTrekker空間マップの重ね合わせ画像。
(D) シングルセル解析から得られたUMAP。各点は図Aの点に1対1に対応している。
(E) 5種類の遺伝子（Gm3764、Rtn1、Cpox、Dnm3os、Gata3）に関して空間上の発現パターンを示した画像。

Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）

• Package 1　 Trekker U 10x10 Tiles
  －Trekker U 10x10 Tiles　　4 Tile
• Package 2　 Trekker Reagent Box 1
  －Nuclei Isolation Buffer
  －Nuclei Wash Buffer
  －BSA
• Package 3　 Trekker 10x10 Reagent Kit
  －RNase Inhibitor
• Package 4　 Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
  －Masking Stickers　　6 Each
• Package 5　 Trekker 10x10 Wash Chambers
  －Wash Chambers　　4 Each
• Package 6　 Trekker 10x10 O-Rings
  －O-Ring　　6 Each

Trekker 10x10 Training Kit Bundle（製品コード SK020）

• Package 1　 10x10 Training Tiles
  －10x10 Training Tiles　　2 Tile
• Package 2　 Trekker Reagent Box 1
  －Nuclei Isolation Buffer
  －Nuclei Wash Buffer
  －BSA
• Package 3　 Trekker 10x10 Tile Masking Stickers
  －Masking Stickers　　6 Each
• Package 4　 Trekker 10x10 Wash Chambers
  －Wash Chambers　　4 Each
• Package 5　 Trekker 10x10 O-Rings
  －O-Ring　　6 Each

Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)（製品コード K011）

• UV lamp
• UV lamp driver
• UV lamp power supply
• UV lamp holder

Trekker U 10x10 Bundle（製品コード SK017）
Package 1、2：4℃
Package 3：ー20℃
Package 4、5、6：室温

Trekker 10x10 Training Kit Bundle（製品コード SK020）
Package 1、2：4℃
Package 3、4、5：室温

Trekker Starter Kit Bundle (UV lamp)（製品コード K011）
室温