SMART-Seq® Single Cell Kit

最高感度のシングルセル全長mRNA-Seq解析
  • シングルセルから確実に全長のcDNAを合成 - SMART-Seq2などの既存の全長cDNA合成法よりも優れた、バリデーション済みのキット
  • 優れた感度と再現性 - 末梢血単核細胞などRNA含量が少ない細胞や核のシングルセルRNA-Seqに最適
  • プレートベースの簡単なワークフロー - セルソーターなどで単離されたシングルセルを直接使用可能
  • ハイスループット解析 - 自動化装置に対応可能

SMART-Seq Single Cell Kit
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シングルセルRNA-Seqキット選択ガイド
製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
634470

CLN

Clontech
SMART-Seq® Single Cell Kit
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
12回 ¥198,000
¥158,400
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4470N
634471

CLN

Clontech
SMART-Seq® Single Cell Kit
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
48回 ¥546,000
¥436,800
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4471N
634472

CLN

Clontech
SMART-Seq® Single Cell Kit
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
96回 ¥984,000
¥787,200
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4472N
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製品説明

SMART-Seq Single Cell Kitは、シングルセルや核からのRNA-Seqに適した高感度で再現性の高いcDNA調製キットである。RNAを抽出することなく、シングルセルから直接、高品質な全長のcDNAを調製することができる。調製したcDNAはllluminaプラットフォーム用のライブラリー調製キットに使用できる。本キットは、SMART-Seqテクノロジーを改良してシングルセル解析専用に設計されており、SMART-Seq2などの既存の方法、およびタカラバイオの従来のキット(SMART-Seq v4)に比べて、はるかに優れたシングルセルRNA-Seqライブラリーの作製が可能となる。本キットは、2 pgのtotal RNA、およびRNA含有量が低いことが知られている末梢血単核細胞(PBMC)などのシングルセルで性能を確認済みである。

SMART-Seq Single Cell PLUS Kitは、シングルセルからRNA-Seqに適した高品質のイルミナ社シーケンサー用のライブラリーを調製するために設計された完全なキットである。 SMART-Seq Single Cell PLUS Kitには、SMART-Seq Single Cell Kitと、完全長cDNAの断片化を行うためのSMART-Seq Library Prep Kitおよびインデックスを付加するためのUnique Dual Index Kitが含まれている。Unique Dual Indexを使用することにより最大96サンプルのマルチプレックス解析が可能になる。
SMART-Seq2法との比較
図1.SMART-Seq2法との比較
リンパ芽球様細胞株GM12878のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit (SSsc;18サンプル) および SMART-Seq2 法 (SMART-Seq2; 20サンプル)によってcDNAを調製し(各19サイクルで増幅)、RNA-Seqライブラリーを作製してシーケンス解析を行った。全てのサンプルは175万ペアエンドリードにノーマライズした。
パネルA:cDNAの調製方法によってマッピング結果が異なっており、SMART-Seq2ではミトコンドリアゲノムへのマッピング率が多く、遺伝子同定に使用できるリード数が少なかった。
パネルB:SMART-Seq Single Cell Kitでは、SMART-Seq2に比べて多くの遺伝子が検出された。
SMART-Seq v4との比較
図2.SMART-Seq v4との比較
パネルA:リンパ芽球様細胞株GM22601の12個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit (SSsc)、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(SSv4;製品コード 634888など)を用いてcDNAを調製した(各19サイクルで増幅)。cDNAの収量は、SMART-Seq Single Cell Kitの方が大幅に多い結果となった。
パネルB:シングルドナーから採取したPBMC約50個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for SequencingでcDNAを調製し、RNA-Seqライブラリーを作製してシーケンス解析を行った。解析に使用したリード数に関係なく、SMART-Seq Single Cell KitではSMART-Seq v4の1.6倍以上の遺伝子が検出された。
SMART-Seqテクノロジーをシングルセル解析用に改良したSMART-Seq Single Cell Kitの優れた感度が示された。
SMART-Seq Single Cell PLUS KitとNextera XTとの比較
図3.SMART-Seq Single Cell PLUS KitとNextera XTとの比較
Panel A:SMART-Seq Single Cell Kitを使用して10 pgのマウス脳total RNAから3連でcDNAを作成した。 次に、SMART-Seq Single Cell PLUS Kitに含まれるSMART-Seq Library Prep KitまたはNextera XT Kitを使用して、Illumina社シーケンサー用のライブラリーを調製した。 ライブラリーを4M paired-end リードにノーマライズし、NextSeq500でシーケンスを行った。
Panel B:SMART-Seq Single Cell PLUS KitはNextera XTより高収量のライブラリーが得られた。
Panel C:SMART-Seq Single Cell PLUS Kitは、Nextera XTと比較してより多くの遺伝子が同定できた。

内容

SMART-Seq Single Cell Kit (製品コード 634470/634471/634472)
  • Package 1
    Control Total RNA(1 μg/μl)
  • Package 2
    10×Lysis Buffer
    RNase Inhibitor (40 U/μl)
    Nuclease-Free Water
    SMART-Seq sc TSO
    3'SMART-Seq CDS Primer II A
    SMARTScribe II Reverse Transcriptase
    SMART-Seq sc First Strand Buffer (5X)
    SeqAmp DNA Polymerase
    SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
    PCR Primer
    Elution Buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)
SMART-Seq Single Cell PLUS Kit(製品コード R400750/R400751)
  • SMART-Seq Single Cell Kit(製品コード 634471/634472)
  • SMART-Seq Library Prep Kit
    FE Dilution Buffer
    Lib Prep Buffer
    Lib Prep Enzyme
    Exn Enhancer
    Adapters
    Amplification Buffer
  • PrimeSTAR HS DNA Polymerase (5 U/μl)
    Nuclease-Free Water
  • Unique Dual Index Kit
    48回用(製品コード R400750)
    Unique Dual Index Kit - 48U(製品コード 400744)
    96回用(製品コード R400751)
    Unique Dual Index Kit - 96U(製品コード 400745)

保存

SMART-Seq Single Cell Kit
Control Total RNA:-70℃
その他のコンポーネント:-20℃

SMART-Seq Library Prep Kit, Unique Dual Index Kit:-20℃

用途

完全長トランスクリプトーム解析を目的としたシングルセルからのcDNA合成
ライブラリー調製にはSMART-Seq Single Cell PLUS Kitが使用可能

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。
  • シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
  • 8連または12連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
  • 微量遠心機(1.5 mlチューブ用、0.2 mlチューブまたはストリップ用)
  • 96ウェル冷却ラック(IsoFreeze PCR Rack, MIDSCI社 Cat. No. 5640-T4、96-Well Aluminum Block, Light Labs社 Cat. No. A-7079 など)

セルソーティング
  • 8-tube strips(Thermo Fisher Scientific社 Cat No.AB0264)または使用する機器に適したPCR tube strips、96-well plates(iQ 96-Well PCR Plates, Bio-Rad社 Cat. No. 2239441など)
  • Microplate film(USA Scientific社 Cat. No. 2920-0010)ソーティング前のプレートシールに使用
  • Aluminum single tab foil seal(USA Scientific社 Cat. No. 2938-4100)または cap strips(Thermo Fisher Scientific社 Cat. No. AB0784/AB0850)
  • 低速遠心機(96ウェルプレートまたはtube strip用)
  • ドライアイス(細胞の凍結用)
  • (オプション)BD FACS Pre-Sort Buffer(BD社 Cat No. 563503)
  • (オプション)SMART-Seq HT Kit Lysis Components(製品コード 634439)または10X Lysis Buffer(製品コード 635013)

cDNA合成およびバリデーション
  • Hot-Lid PCRサーマルサイクラー
  • Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Cat.No. 1402-4700)など
  • Nuclease-free-low adhesion1.5 ml tubes(USA Scientific社 Cat.No. 1415-2600)またはLoBond tubes(Eppendorf, No.022431021)など

SPRI Bead精製
  • Agencourt AMPure XP(Beckman Coulter社 5 ml, Cat.No. A63880、60 ml, Cat.No. A63881)
  • 80% Ethanol
  • Magnetic Separation Device
    • 12~24サンプル用
      • 0.2 ml チューブ:SMARTer-Seq Magnetic Separator - PCR Strip(製品コード 635011)など
      • 0.2 mlチューブまたはストリップ用遠心機
    • 24~96サンプル用
      • 96-well フォーマット用:Magnetic Stand-96(Thermo Fisher Scientific社 Cat.No.AM10027)など
      • 96-well V-bottom Plate(500 μl;VWR社 Cat. No. 47743-996)
      • PCR plate seals(Thermo Fisher Scientific社 Cat.No.AB0558)
      • 96-well plate用遠心機
    • 1.5 ml用(精製前にNexteraシーケンス用ライブラリーをプールした場合に必要)
      • Magnetic Stand(製品コード 631964)または NEB Magnetic Separation Rack(NEB社 Cat.No.1506S/1509S)

cDNA定量
  • High Sensitivity DNA Kit(Agilent Cat. No. 5067-4626)または同等品

ライブラリー作製
  • Nextera XT DNA Library Preparation Kit(Illumina社 Cat. No. FC-131-1024, FC-131-1096)
  • Nextera XT Index Kit(Illumina社 Cat. No. FC-131-2001)または同等品
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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