製品名 | 製品コード | インデックスの種類 | |
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ThruPLEX Tag-seq 6S (12) Kit | R400584 | 6種類 | シングルインデックス |
ThruPLEX Tag-seq 48S Kit | R400585 | 48種類 | シングルインデックス |
ThruPLEX Tag-seq 96D Kit | R400586 | 96種類 | デュアルインデックス |
ThruPLEX Tag-seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1~50 ng DNAからUMIとインデックが付加されたライブラリーを作製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。さらにUMIを使用することで、低頻度変異の検出率を上げることができる。
ThruPLEX Tag-seq Kitを使用して30 ngの1% cfDNA標準サンプル(Horizon Diagnostics社)からライブラリーを調製した。Agilent SureSelect Target Enrichment Custom Panelにより濃縮後、約5,000xのカバレッジでシーケンスした。得られた配列データをCurio Genomics bioinformatics platformで解析した。Raw readsの場合、EGFR変異(黄点)はバックグラウンド(灰点)が高く不明瞭であるが(左図)、UMIを利用してデータ補正すると変異が明らかとなった(右図)。
30 ng cfDNA標準サンプル(A)または10 ng cfDNA標準サンプル(B)からThruPLEX Tag-seq Kitを使用して、ライブラリーを調製した。NimbleGen SeqCap EZ Custom Panelで濃縮後、HiSeq2500で約5000xのカバレッジでシーケンスした。データはCurio Genomics bioinformatics platformで解析した。
ThruPLEX® Tag-seq Kitを使用したcell-free DNA中の低頻度変異解析
マイナーアレル頻度(MAF)検出のためのシーケンスデプス(英語)
イルミナ社Nextera® Rapid Captureを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Roche NimbleGen社SeqCap EZを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
IDT社xGen panelsを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectXT2を用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectQXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
がんゲノミクスとエピゲノミクス(英語)
FFPE DNA、cfDNA解析用のライブラリー調製キット
簡単操作、微量(50 pg)対応の、ChIP-seqに最適なDNAライブラリー調製キット
ThruPLEX/PicoPLEXライブラリー調製キット用インデックスキット
cfDNA解析用のライブラリー調製キット
シングルセルからのDNAライブラリー調製
低頻度変異解析用UMI付きライブラリー調製キット