SMARTer法とNGSの組み合わせで網羅的な解析を

T細胞レパトア解析(T細胞受容体多様性解析)

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 低い増幅バイアスが期待できるSMARTer Human/Mouse TCR a/b Profiling Kitを使用
  • 微量検体でも存在比0.01%のクローン型特異的CDR3配列まで高感度に検出可能
  • 比較解析、多様性指標を含む多様な情報解析

概要

抗原を認識するためのT細胞受容体(TCR)のクローン特異的CDR3配列の存在比率を網羅的に解析し、レパートリーの多様性を報告いたします。 抗原特異的あるいは腫瘍特異的抗体遺伝子の同定、免疫療法の有効性評価など、幅広くご活用いただけます。
■チラシをご覧ください。
ヒトT細胞レパトア解析受託サービス

サービス内容

供与細胞またはtotal RNAから、TCRα、TCRβ受容体領域についてSMARTer Human/Mouse TCR a/b Profiling Kitを用いてシーケンスライブラリーの調製を行い、次世代シーケンサーを用いて配列を解析します。得られた配列をもとに多様性の解析を行います。

<作業の流れ>
1. ライブラリー作製
T細胞から抽出されたtotal RNAから、SMARTer Human/Mouse TCR a/b Profiling Kitを用いてシーケンスライブラリーを調製します。
SMARTer法を用いることで、可変領域に富む5’末端側に複数のPCRプライマーを設計する必要がないため、バイアスを抑えることができます。
・SMARTer Human TCR a/b Profiling Kitの特徴
・SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kitの特徴

2. MiSeqによる配列解析
得られたライブラリーから、次世代シーケンサーMiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンスデータを取得します。
微量のRNAからでも高いオンターゲット率が得られています。

3. 情報解析
得られたシーケンスデータからタグ配列を用いてサンプルごとにリードを分類し、アライメント後にV(D)Jセグメントを同定してCDR3配列のクローナリティを解析します。 また、検出されたCDR3領域のリード数やクローン毎のサマリ、V-Jプロット(2D)、検体間・群間比較など、多様な解析データの納品も可能です。


【納品データ例】
・ CDR3 サマリ
CDR3 サマリ


・V-J プロット
V-J プロット
2Dプロット描画に使用したRaw Scoreも納品いたします。Raw Scoreを用いることで、ご自身での3Dプロット作成が可能です。


〔検体間・群間比較が可能な解析〕
・ V-J usage (各検体情報/検体間比較情報)


V-J usage
・ Most abundant clonotypes statistics
(出現頻度/カウントランクによるグループ別クローン占有率の比較)
Most abundant clonotypes statistics


・ Rarefaction analysis (希薄化曲線)
Rarefaction analysis (希薄化曲線)


・ Diversity Index (クローン数の豊富さ、分布の不均一さを数値化したインデックス値)
・ Share Clone (検体間で共有しているクローンの2Dヒートマップ)

価格・納期

価格・納期は検体数やご依頼内容によって変わりますので、別途お問い合わせください。
 (参考納期:サンプル受領後約2ヵ月)
なお、TCRαのみ、TCRβのみの解析も可能です。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式

ご注文方法

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
送付物 サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
total RNA
(末梢血単核細胞)
300 ng以上 20 ng/μl以上 1.6以上
total RNA
(組織由来)
2 μg以上 150 ng/μl以上 1.6以上
組織検体 100 mg以上
血液検体 全血3 ml以上
※対象はヒトまたはマウス由来検体のみとなります。
※末梢血、組織等にてご依頼の場合は、別途 RNA抽出費用を申し受けます。
※血液検体の場合、ヘパリンを含む採血管は使用しないでください。
※組織は採取後速やかに-80℃で保存し、十分な量のドライアイスを入れて弊社へご発送ください。
 迅速な凍結保存が困難な場合は、RNAlaterに浸漬するなど、RNAが分解しないようにして保存してください。


シーケンスライブラリーの作製の際には、サンプル中のT細胞由来のtotal RNA量が重要となります。
末梢血単核細胞以外の検体につきましては、以下の検体中のおよそのT細胞の存在比を目安に必要サンプル量をご準備ください。
検体種別 T細胞の存在比の目安
セルソーター等で単離されたT細胞 >90%
末梢血単核細胞(バフィーコート) 40~60%
全血 20~40%
リンパ組織 40~60%
その他組織 対象外

ご留意事項

  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • 解析サンプルやその他供与物は別途定めている場合を除き、解析終了後弊社で3ヵ月は保管いたします。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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