特長
- 次世代シーケンサーにより網羅的にメチル化率の算出が可能
- DMRsの同定やCpG island領域の比較解析も可能
- PCR増幅した特定ゲノム領域に絞った多検体解析も可能
概要
エピジェネティクス分野で注目されているDNAのメチル化は、遺伝子発現の制御機構として、発生／分化や疾患などの現象に大きく関わっています。
次世代シーケンサーを用いたゲノムワイドなバイサルファイトシーケンスは、網羅的にメチル化シトシンを同定し、精度高くメチル化レベルを定量できる手法です。本解析では、少量のDNAからバイサルファイト処理済みのシーケンスライブラリーを作製し、次世代シーケンサーによる配列取得後、参照配列へマッピングを行い、メチル化シトシンの同定、定量などを行います。
また、バイサルファイト処理後にPCRを行い、特定領域に絞った解析も可能です。領域を絞ることで網羅的解析後のバリデーションや、多検体ハイスループット解析にご利用いただけます。
サービス内容
ゲノムDNAを提供いただき、バイサルファイト処理後、アダプターを付与したライブラリーを作製し、次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。
取得したシーケンスデータを参照配列にマッピングし、3種類のシトシン(CpG, CHH, CHG)ごとにメチル化率を算出します。また、サンプル間で統計学的有意差を示すシトシンの検出や、その領域(DMRs)を同定します。CpG islandやプロモーターを含む遺伝子周辺領域の比較解析も行います。
数百bp程度の特定ゲノム領域の解析では、各検体のメチル化レベルを統計解析し、全体像をビューワで表示します。
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
納品物
- 作業報告書
- シーケンスデータ一式
- メチル化解析結果一式
シトシンごとにメチル化率等をまとめたリスト
遺伝子領域ごとにメチル化率等をまとめたリスト
CpG islandごとにメチル化率等をまとめたリスト
ビューワ表示用ファイル
- 納品データ例
全ゲノムバイサルファイトシーケンス解析
＜シトシンタイプ別にメチル化率をまとめたリスト＞
＜シトシンサイトごとのメチル化率のビューワ表示例＞
- 特定領域バイサルファイトシーケンス解析
・作業報告書
・シーケンスデータ一式
・メチル化解析結果一式
・メチル化率ヒートマップ
納品データ例
＜メチル化率をまとめたリスト＞
＜メチル化率ヒートマップ＞
ご注文方法
- 依頼書作成とFAX連絡
- 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
- 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
- サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
- サンプル送付
- 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
- サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、－20 ℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。
また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。
受入サンプル
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
|
サンプル量 |
濃度 |
純度 |
| OD260/OD280 |
OD260/OD230 |
ゲノムDNA
全ゲノム解析の場合 |
1 μg以上 |
20 ng/μl以上 |
1.6以上 |
ゲノムDNA
特定領域解析の場合 |
1 μg以上 |
10 ng/μl以上 |
1.6以上 |
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上記基準はヒトゲノムを解析する場合の値です。ゲノムサイズにより必要量が異なりますので別途お問い合わせください。 |
| ・ |
DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。 |
| ・ |
電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。 |
ご留意事項
| ・ |
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
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お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
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解析納品データについて