融合遺伝子解析

癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出

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お問い合わせ
★SMART技術を用いたタカラバイオオリジナルの融合遺伝子検出サービス開始
※2021年3月31日をもちまして、Archer FusionPlex Assayサービスは終了いたしました。

特長

  • 解析目的に応じてターゲットを絞った解析と網羅的解析の2類の融合遺伝子解析サービスをご用意
  • 未知の融合パートナー遺伝子の検出も可能
  • FFPEなど臨床検体からの解析も可能
  • ご希望の融合遺伝子について、カスタムパネルでの解析も可能

概要

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メニュー名1. SMART Fusion-Seq解析2. RNA-Seq解析
(Fusion Gene解析)
概要SMART法とSemi-nested PCRによるターゲット濃縮を組み合わせたタカラバイオオリジナルの融合遺伝子検出サービスイルミナ社シーケンサーにて、mRNAシーケンスを行い、情報解析にて網羅的に融合遺伝子を検出するサービス
遺伝子数15(+カスタム遺伝子)全遺伝子対象
特長
  • 微量核酸(FFPEサンプル含む)からの融合遺伝子検出
  • 高感度、高精度(低バイアス)に融合遺伝子を検出
  • フレキシブルに融合遺伝子を設計可能(カスタム対応)
  • 網羅的な融合遺伝子検出
  • ヒト以外も対応可能

※SMART Fusion-Seq解析は、当社が国立大学法人大阪大学に設置した大阪大学大学院医学系研究科 先端ゲノム医療学共同研究講座 前田大地特任教授(常勤)らのグループとの共同研究の成果を活用して実施します。

サービス内容

  1. SMART Fusion-Seq解析
    total RNAをお預かりし、SMART法を用いてcDNA合成を行い、Semi-nested PCRによりターゲットの濃縮を行います。Semi-nested PCRで増幅した産物を次世代シーケンサーでシーケンスを行い、融合遺伝子を検出します。
    組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です。
    解析結果では、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置等の情報を付与いたします。
    • SMART法を用いたcDNA合成
      SMART法を用いたcDNA合成
      SMART技術によるcDNA合成を行うことで、バイアスなく5'末端にアダプターを付与でき、かつ微量核酸(20~50 ng)やFFPEなど分解が進んだ検体からの解析が可能です。
    • Semi-nested PCRによるターゲット濃縮
      従来の両側特異的プライマーによるターゲット濃縮ではできなかった未知の融合パートナー遺伝子の検出が、Semi-nested PCR(片側ユニバーサル+片側遺伝子特異的プライマー)を用いることで可能になります。
      Semi-nested PCRによるターゲット濃縮
    • カスタムパネルでの解析
      上記15遺伝子の対象エキソン領域以外での融合遺伝子検出をご希望の場合、カスタムで特異的プライマーを設計し、その遺伝子とペアとなる融合遺伝子の検出が可能です。お問い合わせください。

  2. RNA-Seq解析(Fusion Gene解析)
    total RNAを提供いただき、mRNA精製、断片化およびcDNA合成によりライブラリー作製を行います。NovaSeqなどの次世代シーケンサーを用いて、ペアエンドシーケンスを行い、fusion gene解析ソフトウェアにより融合遺伝子を検出します。組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です
    解析結果は、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置、偽陽性スコア情報等を付与いたします。情報解析だけのご依頼も可能です。
    RNA-Seq解析
    異なる遺伝子に対応する組み合わせを検出
    様々なパラメータから偽陽性判定

【オプションサービス】
・組織やFFPEからのRNA抽出

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
SMART Fusion-Seq解析の参考価格は、チラシをご参照ください。

納品物

  1. SMART Fusion-Seq解析
    ・作業報告書
    ・シーケンスデータ
    ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等

    【融合遺伝子候補の一覧結果例(Excel)】
    融合遺伝子候補の一覧結果例

    【融合遺伝子候補のin silico再評価結果例(html形式)】
    in silicoで検出された融合遺伝子候補結果を再評価し、確からしいリードを選抜してhtml形式で結果をまとめます。
    融合遺伝子候補の一覧結果例

  2. RNA-Seq解析(Fusion Gene解析)
    ・作業報告書
    ・シーケンスデータ
    ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等

    【融合遺伝子候補の一覧結果例(Excel)】
    候補融合遺伝子について、確からしさとともに、位置情報やアノテーション情報などをまとめたリストを納品いたします。
    融合遺伝子候補の一覧結果例

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
     また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNA、血液、FFPE、組織など
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    横にスクロールできます
    【total RNAの場合】
    メニュー サンプル量 濃度 OD260/OD280、OD260/OD280
    1.SMART Fusion-Seq解析 130 ng以上 2.5 ng/μl以上 1.6以上
    2.RNA-Seq解析(Fuion Gene解析) 4 μg以上 200 ng/μl以上 1.6以上
    微量サンプルの場合は、SMART-Seq解析での対応も可能です。

    ・RNAはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・ご送付いただいたRNAサンプルは受け入れ時に品質検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

    【血液、FFPE、組織等の臨床検体の場合】
      サンプル量 保管・搬送温度 備考
    血液 2 ml 冷凍 ・PAXgene RNA採血管またはEDTA/2NaまたはEDTA/2K採血管にて採血してください。
    ・採血後の遠心分離は不要です。
    ・ヘパリン入採血管を用いて採血された血液は、解析に影響を及ぼしますのでお避けください。
    ・冷凍時は容器の破損を避けるため、なるべく緩やかに凍結させてください。
    ・チューブ容量の1/2量以下となるようにしてください。
    FFPE 10 μm厚
    7枚程度
    (もしくは相当量)
    冷蔵 ・パラフィン切片を7枚ずつ1.5 mlチューブに入れて送付してください。
    ・ブロック検体は受付できません。
    ・10%中性緩衝ホルマリンにて24時間以内の固定標本を推奨します。
    ・作製から2年以内の標本を推奨します。
    ・マイクロダイセクションには対応できません。
    組織 25 mg程度 冷凍 ・検体は3~5 mm角片に刻んでください。
    ・総量が200 mg以下となるようにしてください。
    ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃で保存してください。
    ・壊死部分を除去してください。がん検体の場合は、できるだけ正常部位を除去してください。
    培養
    細胞
    1×106 cells以上 冷凍 ・細胞ペレットでご提供ください。
    ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃で保存してください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。