ATAC-Seq解析

網羅的オープンクロマチン領域解析

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特長

  • Transposomeによる網羅的オープンクロマチン領域解析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing：ATAC-Seq）
  • 実験ごとの抗体バリデーションは不要
  • 経験と実績が豊富なActive Motif社による作業

概要

オープンクロマチン領域の網羅的解析を行います。ATAC-Seq法を採用することで、従来法のDNase-Seq法やFAIRE-Seq法に比べ、少ない細胞数の解析に対応し、安定した解析結果が期待できます。
実験ごとに特定の抗体のバリデーションも不要なため、ChIP-Seq解析より低価格で対応可能です。
■チラシをご覧ください。
ATAC-Seq／ChIP-Seq解析受託サービス
ATAC-seq解析受託サービス

サービス内容

未固定の培養細胞をご提供いただきActive Motif社で解析を行います。Transposomeを用いてオープンクロマチン領域を特異的に濃縮したライブラリー作製を行い、シーケンスします。取得したシーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。一般的に、1件の解析について2検体以上の解析（Duplicateでの解析）が推奨されます。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • シーケンス配列情報（fastq）
  • マッピング情報（bam）
  • ピークコール結果一式（Excel）
  • UCSC閲覧ファイル（BED、bigWigURL）

    ＜納品データ例＞
    各検体で検出されたピークの一覧（Excel）と検出ピーク数のベン図 納品データ例1
    納品データ例2
    納品データ例3
    ActiveMotif社より提供

ご注文方法

・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

受入サンプル

提供物 サンプル量 処理方法
培養細胞 5×104～1×105 cells 細胞ペレットを5％DMSO存在下で緩慢凍結してください。
（凍結方法は別途ご連絡）
・固定化は必要ございません。
・血球系の細胞も可能です。
組織20～50 mg液体窒素で凍結後、－80℃で保存してください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

・ 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

関連製品・受託

ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて
修飾ヒストンH3/H2B抗体
DNA SMART™ ChIP-Seq Kit
高速シーケンス（NGS）解析
クロマチン免疫沈降サンプルの解析（ChIP-Seq）

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。