de novo ゲノム解析

• ロングリードシーケンサーを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
• 微生物から高等生物まで豊富な実績
• 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実

ゲノムDNAをご提供いただき、PacBioロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてシーケンスデータを取得し、アセンブルにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。HiFi Readを用いた解析により、高精度なコンティグ配列を取得します。
構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用いただけます。

HiFi Read（CCS：Circular Consensus Sequencing）
約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です。

◆取得データ量の目安
生物種のゲノムサイズや解析の目的に応じて、取得データ量を選択していただけます。

※相乗り解析サービスのシーケンスデータ量目安は、1 Gbase／検体程度です。

ゲノムサイズ	ゲノムサイズに対する 推奨冗長度	アセンブル ソフトウェア	納品配列
～20 Mb	約50倍	Flye	コンティグ配列
～100 Mb	約50倍	IPA
100 Mb～	約20倍	hifiasm

※シーケンスデータ量はゲノム品質、サンプルによって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

■チラシをご覧ください。
ロングリード相乗りシーケンス
de novo ゲノム解析


【オプションサービス】

• ゲノムDNA抽出
• 遺伝子予測解析
  CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（BAM形式、fastq形式）
• アセンブル結果^＊1（コンティグ配列、統計情報）

＊1 アセンブルご依頼の場合

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

• オンライン注文
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
  ※生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ※ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
  ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
  　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。


• メール注文
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
  • 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
    ※細菌、真菌、ウイルス、原虫及び寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。


• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・DNAサンプルの場合は保冷剤梱包の冷蔵便（4℃）で、菌体などのサンプルの場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で送付ください。

• 生体サンプル等
  

  	サンプル量	搬送温度
  菌体ペレット（細菌）	40 mg／本を2本分程度＊2	冷凍
  菌体ペレット（真菌）	200 mg／本を2本分程度＊2
  組織・細胞	お問い合わせください

  ＊2 1.5 mlマイクロチューブに入れて送付ください。


• ゲノムDNA
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

  	サンプル量	濃度	純度
  			OD260/ OD280	OD260/ OD230
  HiFi Read	13 μg以上	50 ng/μl以上	1.6 以上

  • DNAはReduced EDTA TE buffer（10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0）もしくは滅菌水に溶解してください。
  • DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
  • パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動にて50 kb以上に明瞭なバンドが検出され、分解および低分子の混入がみられないことをご確認ください。
  • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■サンプル送付容器について
　ゲノムDNAサンプルは1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。

• 供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
• ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
  詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
• お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

タカラバイオはパシフィックバイオサイエンス社認定のサービスプロバイダーです。