シングルセルレベルでの先端的3’RNA-seq解析

ICELL8™ シングルセル解析

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 受託受付担当 宛て
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TEL:077-567-9266
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特長

  • WaferGen社 ICELL8システムにてSmartChipに細胞を分注し、シングルセルを取得
  • 単一の生細胞のみを選択してmRNA解析(最大約1,800細胞のプロファイルを一度に取得)
  • 多様な細胞サイズ(5~100 μm)に対応し、8サンプルまでの同時解析が可能

概要

シングルセル解析は、1細胞レベルでmRNA解析を行うことで、細胞集団の平均的な解析ではなく、個々の細胞の変化を動的に追い、システマチックに理解することが可能になる技術です。
タカラバイオでは、調製した目的細胞をICELL8システムにてSmartChipに分注し、シングルセルを取得、遺伝子発現解析に利用します。 このmRNA解析サービスでは、調製したシングルセルから、cDNAを合成し、次世代シーケンサーHiSeq(イルミナ社)を用いて3’RNA-seq法にて網羅的な遺伝子発現解析を行います。

【シングルセルからのmRNA解析の流れ】



ICELL8 Single-Cell Systemの詳細はこちら
■チラシをご覧ください。
ICELL8シングルセル解析サービス

サービス内容

  • バルク細胞からのシングルセル単離
    バルク細胞*1(細胞懸濁液)を懸濁調整後、マルチサンプルナノディスペンサ(MSND)により細胞をSmartChipに分注する*2
    *1 ご提供いただく細胞、細胞の解離・剥離方法については事前にご相談ください。
    *2 事前にBlank Chipでのテストランを行います。


  • 生細胞の選択、cDNA調製
    専用ソフトウェアを用いて、シングルセルおよび生細胞のウェルを選択します。
    選択した細胞について、Chip上で、細胞を溶解後、逆転写反応およびPCR反応を行い、2本鎖cDNAを取得します。この際に細胞識別のバーコードWBCおよび分子識別のUMIを付与します(情報解析の項参照)。
    WBC = Nano-well barcode or cell specific barcode
    UMI = Unique Molecular Identifier (de novo transcript counting)

  • PreAmp、ライブラリー作製
    2本鎖cDNAを鋳型にし、PCR増幅を行いシーケンスに供するライブラリーの調製を行います。

  • 高速シーケンス解析
    調製したライブラリーを、次世代シーケンサーHiSeqを用いて、WBC/UMI配列の取得および100塩基の遺伝子配列の取得を行います。得られたデータは、WBCに基づき細胞ごとの配列データに分類します。

  • 情報解析
    取得した配列データを参照配列へマッピングし、適切なソフトウェアを用いて遺伝子発現定量解析を行います。この時にUMIにより実験手法により生じるバイアスを減じます。その後、アノテーション情報を付与します。解析結果は、遺伝子の発現量をまとめたファイル、主成分分析(PCA)結果などを納品いたします。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。 .

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報データ、主成分分析(PCA)結果等

ご注文方法

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体サンプルおよび供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。

受入サンプル

  • 細胞
  • 参照配列情報など

詳細は別途お問い合わせください。

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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