16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)

次世代シーケンサーによる菌叢解析

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TEL:077-565-6999

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特長

  • 多数のサンプルを一度にかつ大量に解析可能
  • 菌叢構造のグラフ化により視覚的な判断が容易
  • 菌叢比較解析やメタゲノム機能予測解析にも対応
  • 腸内細菌叢の解析では核酸抽出からも対応可能

概要

16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施いたします。対象とするサンプル中に、どのような微生物がどれくらい存在しているかを明らかにすることが可能です。

■チラシをご覧ください。

細菌叢・メタゲノム解析サービス
アレイ解析

サービス内容

  • 核酸抽出
    ヒトやマウス糞便等からの核酸抽出を行います。
    ※環境微生物や特殊な検体からの核酸抽出には対応できない場合があります。

  • 16S rRNA領域特異的ライブラリー作製
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加した16S rRNA領域特異的プライマー(V3-V4領域)を用いてPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製します。

  • 16S rRNA PCR産物の解析
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加しPCR産物を用いて、次世代シーケンサーによる配列取得を行います。
    ライブラリーは、PCRプライマーに数塩基のタグ配列を付加することにより、複数検体を混合して一度に解析することが可能です。(お客様でライブラリーを作製される場合、アダプター配列およびタグ配列については、事前にお問い合わせください。)

  • 菌叢解析(情報解析)
    得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施し、相同性検索と系統分類解析結果の一覧、系統分類解析結果に基づき菌種組成を集計したグラフを納品いたします。 オプション解析として、検体間の菌叢の違いを容易に解釈できる菌叢比較解析もご用意しております。

  • 解析の流れ
    解析の流れ

【納品データ例】
<系統分類結果>
PhylumからSpeciesレベルまで、各検体の菌組成をまとめた結果(tsv形式、html形式)を納品します。
・組成比グラフ(html形式)
系統分類結果

・組成比ヒートマップ (html形式)
クラスタリング結果


<α多様性解析結果>
・検体中の菌種の多様性を表すグラフ(html形式)
Rarefaction解析結果


<β多様性解析結果>
検体間の菌叢の違い、類似度をPCoA(Prinecipal Coordinates Analysis:主座標分析)およびクラスター解析結果で確認いただけます。
・PCoA解析 3D plotデータ (html形式)
菌叢比較解析


【オプション情報解析】
  • 菌叢統計比較解析
    菌種組成、多様性、細菌叢構造について統計検定による群間比較を実施します。

価格・納期

サービス項目 参考価格 参考納期
基本メニュー(PCR増幅~菌叢解析まで) ¥150,000/一式 1~5検体一式 約2ヵ月
¥25,000/検体 6~47検体
・48検体以上は別途お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類結果等

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」
    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。
    • 細菌叢・メタゲノム解析依頼書(Excel)
    • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙(Excel)
      ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
      「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
    • 解析生物に関する情報提供用紙(Excel)
      ※細菌、真菌、ウイルス、原虫及び寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。採便キットで送付いただく場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便(4℃)にてお送りください。

受入サンプル

ご依頼いただく工程により異なります。
  • 糞便検体(ヒト、マウス)
    ※採便キット・説明書をご用意しています。事前にお問い合わせください。

  • DNA又はPCR産物
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
横にスクロールできます
 サンプル量液量濃度純度
OD260/OD280OD260/OD230
DNA20 μl以上10 ng/μl以上1.6以上
混合済みPCR産物
(ライブラリー)
50 ng以上10 μl以上5 nmol/L以上
液量20 μl以上でご送付ください。記載濃度は目安です。サンプル濃度が記載濃度以上であっても、提供サンプル中に含まれるバクテリア由来DNA量によっては、十分量のPCR産物が得られない場合がございます。また基準を満たしていない場合でも、PCR産物が得られる場合もございます。

  • 滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer(10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0)に溶解してください。
  • PCR増幅は、指定の配列を付加したプライマーをご利用ください。
  • ライブラリーは等量混合した状態でご送付ください。
  • 糞便以外の検体からのDNA抽出の可否については、お問い合わせください。

ご留意事項

  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。