<お知らせ>
2023.12.28
ショットガンメタゲノム解析の情報解析がアップデートされました!
特長
- 次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス
- 菌種組成および菌叢の持つ機能を解明
- 糞便等様々なサンプルからのDNA抽出にも対応可能
- LEfSeを用いた統計比較解析、共起ネットワーク解析など充実の情報解析
サービス内容
メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後、イルミナシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。取得したリードについて、データベース配列へマッピングし、菌種組成を算出します。群間比較にて群に特徴的な菌種情報の取得と、共起ネットワーク解析により菌叢の量的変化の相関を見ることも可能です。
また同時にアセンブル・遺伝子予測により、菌叢の持つ代謝機能(遺伝子組成)を見ることも可能です。
Bacteriaだけでなく
Archaea、Viruses(二本鎖DNAウイルス)、
fungi、
Microbial eukaryotes(藻類やプロトゾア)も解析対象に含まれます。
■納品データ例
・系統分類結果
門・網・目・科・属・種の各レベルごとに菌種組成を算出
Bar Chart
Pie Chart
・群間比較(LEfSe)
群間比較で特徴的な菌種情報を取得
Cladogram
系統樹に差があった群で色付け
Bar Chart
有意差があった菌種の存在比をオリジナルビューワで確認可能
Heatmap
サンプル、菌種でクラスタリングし、菌の相対存在量のパターンを視覚化。オリジナルビューワで閲覧可能
・共起ネットワーク解析
菌の出現頻度や量的な相関関係から共起関係にある細菌を探索。菌種間の相関を確認
■サービス詳細は技術資料をご覧ください(閲覧にはWEB会員ログインが必要です)。
■チラシをご覧ください。
マイクロバイオーム解析
オプション
- 遺伝子機能解析
菌叢のもつ遺伝子組成を算出します。遺伝子予測結果、遺伝子存在比を納品いたします。
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
納品物
- 作業報告書
- シーケンスデータ一式
- 系統分類・群間比較結果一式
ご注文方法
オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。
-
オンライン注文
WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。
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メール注文
・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
- サンプル送付
・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
・送付サンプルがDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。採便キットで送付いただく場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便(4℃)にてお送りください。
受入サンプル
- 生体サンプル等
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サンプル量 |
温度 |
糞便 |
目安:200 mg(小豆大)程度* |
冷凍 |
* 採取・送付方法について事前にお問い合わせください。
- ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
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サンプル量 |
濃度 |
液量(目安) |
純度 |
OD260/OD280 |
OD260/OD230 |
ゲノムDNA |
200 ng以上 |
5 ng/μl以上 |
40 μl以上 |
1.6以上 |
- 上記基準に満たない場合や土壌などの環境サンプルの場合は、別途お問い合わせください。
- DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
- 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
■サンプル送付容器について
・ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
※プレートは弊社より提供可能(無償)です。ご希望の方はお問い合わせください。
<推奨プレートおよびシール>
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・タイタースティックHCフィルム(WATSON社, No. 547-KTS-HC)
ご留意事項
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供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。 |
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お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
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