de novo RNA-Seq解析（cDNA配列解析）

非モデル生物の網羅的な遺伝子配列取得と発現定量解析

特長

  • ロングリードシーケンサーによる網羅的なcDNA配列の取得と発現定量解析
  • ゲノム配列情報のない生物種でも発現定量解析が可能
  • cDNA配列はトランスクリプトバリアントごとに区別して検出

サービス内容

次世代シーケンサーを用いて、一度の解析で網羅的なcDNA配列の取得と発現定量解析を行います。ゲノム配列が未知である非モデル生物の発現定量解析も可能です。
total RNAをご提供いただき、ライブラリー作製後、PacBio ロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてシーケンス解析を行います。得られたシーケンスデータをクラスタリングすることでトランスクリプトごとの配列情報を取得し、相同性検索によるアノテーション情報を付与します。また同時にサンプルごとの遺伝子発現量を求めます。
原核ゲノム、ゲノムサイズが小さい生物種については、まずゲノム配列解析によるドラフトゲノム配列決定・遺伝子予測の実施をお勧めします。
  • 作業の流れ
    作業の流れ
  • 納品データ例
    取得したシーケンスデータをクラスタリングした結果の配列情報と、その配列情報に対しての各種アノテーション情報とサンプル毎の発現量情報をまとめたリストを納品いたします。


【オプションサービス】

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式（配列情報ファイル、アノテーション情報ファイルなど）

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNAなど
    • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    横にスクロールできます

    		サンプル量 濃度 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA＊1 1 μg以上 100 ng/μl以上 10 μl以上 1.6以上
    組織・細胞（オプション） 別途ご相談＊2
    ＊1 polyA+ RNAが無い原核生物の解析は別途ご相談ください。
    ＊2 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ・DNase処理を実施してください
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■サンプル送付容器について
・RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
　24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
※プレートは弊社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご留意事項

・ ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200TapeStationなどを用いて品質検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

関連製品・受託

次世代シーケンス（NGS）解析受託
RNA-Seq解析
ロングリードRNA-Seq解析（Iso-Seq）
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注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
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