ショットガンメタゲノム解析

微生物群のゲノム/遺伝子情報を網羅的に解析

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特長

  • 次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス
  • 菌種組成および菌叢の持つ機能を解明
  • 糞便等様々なサンプルからのDNA抽出にも対応可能

概要

メタゲノム解析は、臨床、糞便、環境サンプル等から抽出したゲノムDNAを網羅的に解析することにより、菌種組成や菌叢の持つ機能を解明できる新しい手法として注目されています。16S rRNA領域のみを対象とする16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)とは違い、全ゲノム配列を対象とするため、より精度の高い菌種組成の解明が可能であり、また16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)では難しかった、菌叢の持つ機能を解明することも可能です。BacteriaだけでなくArchaea、Viruses(二本鎖DNAウイルス)、fungi、Microbial eukaryotes(藻類やプロトゾア)も解析対象に含まれます。

■チラシをご覧ください。
細菌叢・メタゲノム解析サービス

サービス内容

メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。取得したリードについて、データベース配列へマッピングすることで、菌種組成および菌叢の持つ代謝機能を明らかにします。

・作業の流れ
横にスクロールできます
作業の流れ


・納品データ例
<系統分類>
横にスクロールできます
系統分類

<機能解析>
機能解析

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類・機能解析結果一式

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
     また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
    • 細菌叢・メタゲノム解析依頼書(Excel)
    • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙(Excel)
      ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
      「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
    • 解析生物に関する情報提供用紙(Excel)
      ※細菌、真菌、ウイルス、原虫及び寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。採便キットで送付いただく場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便(4℃)にてお送りください。

受入サンプル

  • 生体サンプル等

    サンプル量 温度
    糞便 目安:200 mg(小豆大)程度 冷凍
    採取・送付方法について事前にお問い合わせください。


  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 200 ng以上 5 ng/μl以上 40 μl以上 1.6以上
    • 上記基準に満たない場合や土壌などの環境サンプルの場合は、別途お問い合わせください。
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。

■サンプル送付容器について
・ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。
 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

<推奨プレートおよびシール>
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

ご留意事項

供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGGデータベース利用に関するライセンスについてはこちらをご確認ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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