de novo ゲノム解析

バクテリアや真核生物のゲノム配列構築

特長

  • ロングリードシーケンサーSequelⅡを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
  • 微生物から高等生物まで豊富な実績
  • 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実

概要

ゲノムDNAを御提供いただき、ロングリードシーケンサーSequelⅡを用いてシーケンスデータを取得し、アセンブリにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用ください。

■チラシをご覧ください。
ロングリード相乗りシーケンス
de novo ゲノム解析

サービス内容

SequelⅡを用いたロングリードシーケンス解析により高精度なコンティグ配列を取得します。
2種類のシーケンスモードにより、解析の目的に合わせての選択が可能です。

【シーケンスモードと取得データ量の目安】
  • HiFi Read
    微生物のゲノム配列構築の他、ゲノムサイズ数百Mb以下のリピート配列が少ない非モデル生物の解析にご利用ください。約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です。

  • CLR Read
    ゲノムサイズが数百Mb以上の非モデル生物のゲノム配列構築にご利用下さい。30 kbライブラリーを使用したより長いリードでの解析が可能です。

    CLR Read

    シーケンスモード取得データ量/cellゲノムサイズに対する
    推奨冗長度    		アセンブル
    ソフトウェア    		納品配列
    HiFi Read
    （CCS : Circular
    Consensus Sequencing）    		約1 Gb
    相乗りシーケンス    		約50倍Flyeコンティグ配列
    約20 Gb
    CLR Read
    （continuous long reads）    		約100 Gb約80倍HGAP4コンティグ配列
    ・シーケンスデータ量はゲノム品質、サンプルによって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

    【オプションサービス】
    • ゲノムDNA抽出
    • 遺伝子予測解析
      CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ（BAM形式、fastq形式＊）＊ fastqファイルはHiFi Readの場合の納品物です。
  • アセンブル結果（コンティグ配列、統計情報）

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
    • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書（Excel）
    • 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
      ※細菌、真菌、ウイルス、原虫及び寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・DNAサンプルの場合は保冷剤梱包の冷蔵便（4℃）で、菌体などのサンプルの場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で送付ください。

受入サンプル

  • 生体サンプル等
    　サンプル量搬送温度
    菌体ペレット（細菌）40 mg／本を2本分程度＊冷凍
    菌体ペレット（真菌）200 mg／本を2本分程度＊
    組織・細胞お問い合わせください
    ＊ 1.5 mlマイクロチューブに入れて送付ください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    　サンプル量濃度純度
    OD260/OD280OD260/OD230
    HiFi Read30 μg以上100 ng/μl以上1.6 以上
    CLR Read20 μg以上70 ng/μl以上
    • DNAはReduced EDTA TE buffer(10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0)もしくは滅菌水に溶解してください。
    • DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    • 電気泳動（1％Gel）にて10～20 kb以上に明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
    • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

タカラバイオはパシフィックバイオサイエンス社認定のサービスプロバイダーです。
パシフィックバイオサイエンス社認定

使用文献・参考文献

関連製品・受託

プレート単位塩基配列解析
次世代シーケンス（NGS）解析受託
ゲノム変異解析
NucleoBond® AXG Column

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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