de novo ゲノム解析

バクテリアや真核生物のゲノム配列構築

特長

  • ロングリードシーケンサーを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
  • 微生物から高等生物まで豊富な実績
  • 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実

サービス内容

ゲノムDNAをご提供いただき、PacBioロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてシーケンスデータを取得し、アセンブルにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。HiFi Readを用いた解析により、高精度なコンティグ配列を取得します。
構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用いただけます。

HiFi Read（CCS：Circular Consensus Sequencing）
約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です。

◆取得データ量
生物種のゲノムサイズや解析の目的に応じて、取得データ量を選択していただけます。
HiFi ReadHiFi Read
ゲノムサイズ ゲノムサイズに対する
推奨冗長度		 アセンブル
ソフトウェア		 納品配列
～20 Mb 約50倍 Flye コンティグ配列
～100 Mb 約50倍 IPA
100 Mb～ 約20倍 hifiasm
※シーケンスデータ量はゲノム品質、検体によって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

【オプションサービス】
  • ゲノムDNA抽出
  • 遺伝子予測解析
    CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ（BAM形式、fastq形式）
  • アセンブル結果＊1（コンティグ配列、統計情報）
＊1 アセンブルご依頼の場合

ご注文方法

検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記⼊の上、電⼦メールにてこちらへご送付ください。

依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
  • 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
    ※細菌、真菌、ウイルス、原虫および寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

  • 検体送付
    ・解析検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
    ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・DNA検体の場合は保冷剤梱包の冷蔵便（4℃）で、菌体などの検体の場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で送付ください。

    • 受入検体

    • 生体検体等
      　検体量搬送温度
      菌体ペレット（細菌）40 mg／本を2本分程度＊2冷凍
      菌体ペレット（真菌）200 mg／本を2本分程度＊2
      組織・細胞お問い合わせください
      ＊2 1.5 mlマイクロチューブに入れて送付ください。

    • ゲノムDNA
      以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。
      検体量 濃度 純度
      OD260/
      OD280      		 OD260/
      OD230
      13 μg以上50 ng/μl以上 1.6 以上
      • DNAはReduced EDTA TE buffer（10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0）もしくは滅菌水に溶解してください。
      • DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早く検体をご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
      • パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動にて50 kb以上に明瞭なバンドが検出され、分解および低分子の混入がみられないことをご確認ください。
      • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

    ■検体送付容器について
    　ゲノムDNA検体は1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。

    ご留意事項

    • 供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
    • ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
      詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
    • お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

    使用文献・参考文献

    関連製品・受託

    次世代シーケンス（NGS）解析受託
    ゲノム変異解析
    NucleoBond® HMW DNA

    注意事項
    • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
    • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
    • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。