ロングリードRNA-Seq解析

ナノポアシーケンサーによる

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特長

  • ロングリードシーケンサーGridION X5(Oxford Nanopore Technologies社)によるRNA配列解析
  • 新規Isoformの配列取得、Isoformごとの発現解析が可能

概要

ロングリードシーケンサーを用いて、遺伝子配列の取得を行います。ショートリードのシーケンスでは難しかったIsoformの配列決定、Isoformごとの遺伝子発現解析にご利用いただけます。
■チラシをご覧ください。

ロングリードRNA-Seq解析

サービス内容

サンプルのtotal RNAをご提供いただき、GridION X5を用いてシーケンスを取得します。total RNAを逆転写反応やPCR増幅を行わず、ダイレクトにRNAをシーケンスする手法(Direct RNA)とcDNA合成PCR増幅を行なった後にシーケンスを行う手法(PCR cDNA)がございます。

  • 作業の流れ
    total RNAの作業の流れ

  • RNAシーケンスの定量性について
    92種類の市販の合成RNAを用いて、想定されているとトランスクリプトと観察されたトランスクリプトのリードカウント値の比較を行った。 Spearman's相関係数は2種類のシーケンスにおいて、r ≥ 0.91であった。


    RNAシーケンスの定量性


    マッピング結果表示例
    マッピング結果


【オプションサービス】

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式(fast5およびfastq)

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」
    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。 横にスクロールできます

    サンプル量 濃度 純度(目安)
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA*1*2 Direct RNA 50 μg以上/フローセル 500 ng/μl以上 1.8以上 2.0~2.2
    PCR cDNA 5 μg以上/フローセル 50 ng/μl以上
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談*3

    *1 ヒト・ラット・マウス以外の生物種、すでにpolyA RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    *2 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    *3 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

ご留意事項

ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはオックスフォード・ナノポア社認定のサービスプロバイダーです。
オックスフォード・ナノポア社認定
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。