空間トランスクリプトーム解析（Seeker）

• 凍結組織からの高感度空間トランスクリプトーム解析
• Broad Instituteで開発されたSlide-seq v2（Seeker）^＊がベース技術
• シングルセルレベルの解像度で解析可能
• polyAを持つ全トランスクリプトームが解析対象
• 様々な真核生物で解析可能

凍結組織などを提供いただき、位置情報バーコードおよびmRNAキャプチャー配列を持つビーズ（直径10 μm）が敷き詰められたTile Slide上に、凍結組織切片を配置する事で、組織中のmRNAをビーズで捕捉し空間位置情報を含むcDNAライブラリーを調製します。イルミナ社シーケンサー（NovaSeq）でシーケンスし、得られたデータとビーズ位置情報を専用ソフトで解析することで、高感度な空間遺伝子発現マップを構築します。
このアッセイは次世代シーケンサー以外の特別な装置を必要としないため、Seekerキットを購⼊いただき、お客様ご⾃⾝で作製いただいた切⽚スライドグラスやライブラリーを送付いただくことで、途中⼯程から依頼いただくことも可能です。
※スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託する可能性があります。

■解析作業フロー
　技術紹介動画はこちら（外部サイト）

■Seeker tile概略図


■高感度な空間遺伝子発現マップ

■チラシをご覧ください。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq）
• 解析データ（空間遺伝子発現マップ結果等）　一式

■クラウド納品について
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
※クラウド納品ご選択時の注意事項

• シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
  事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
  推奨回線速度計測サイトはこちらから
• 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
• シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
  

  エクソームシーケンスやRNA-Seq （シーケンスデータ量 5～6 Gbase／検体）	約5 GByte／検体
  全ゲノムシーケンス （シーケンスデータ量 90 Gbase／検体）	約70 GByte／検体

• 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
• ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等、別途料金￥15,000（税別）／件）への変更をご案内します。
• 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 空間トランスクリプトーム解析(Trekker/Seeker）発注依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・臨床検体の場合、検体送付前に必ず、情報提供用紙をご送付ください。弊社より臨床検体専用の輸送箱をご案内いたします。
  ・検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

組織種やご準備方法などはお問い合わせください。

• 新鮮凍結組織、OCT包埋組織（10 mm x 10 mm タイルのみ対応）
• Seekerスライドに貼りつけ済み組織切片（3 mm x 3 mm タイル、10 mm x 10 mm タイルともに対応）
  ※HE染色用の切片を貼り付けたスライドも合わせてご送付ください。
• Seeker Spatial Transcriptomics Kitを用いて作製したライブラリー
  ※ライブラリー定量結果（QubitおよびBioanalyzerまたはTapeStation結果）、ビーズバーコードファイル（Seeker Spatial Transcriptomics KitのTile SlideのQRバーコードよりダウンロード可能）も合わせてご送付ください。

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。