空間トランスクリプトーム解析（シングルセル空間マッピング）

• 空間情報を保持したシングル核解析を実現
• Broad Instituteで開発されたSlide-tags^＊がベース技術
• 既存シングルセル解析システムに適応でき、シングルセルマルチオーム（ATAC＋Gene Expression）にも対応
• 細胞セグメンテーションを必要としないため、真のシングルセル空間解析を実現
• 従来の空間解析よりも、検出遺伝子数が多い解析
• 様々な真核生物で解析可能

＊原理の詳細は、使用文献・参考文献をご参照ください。

凍結組織などを提供いただき、空間位置情報配列（Spatial barcode）を付加したビーズ（直径10 μm）が敷き詰められたTile Slide上に、解析対象となる組織切片を配置します。UV照射することでビーズからDNAバーコードを遊離し、近傍の核にDNAバーコードを浸透させます。その後、核を抽出し、Chromium Xなどの既存のシングルセル解析システムを用いてシーケンスライブラリーを作製します。イルミナ社シーケンサー（NovaSeq）でシーケンス後、専用ソフトで解析することで、高感度な空間遺伝子発現マップを構築します。核に直接位置情報を付加することで、真のシングル核（セル）空間解析を実現します。
※スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託する可能性があります。


■解析作業フロー



■Trekker Bead概略図



■シングルセルデータの品質を保持しながら、高密度の核空間マップを作成



【解析例】Trekkerを使用した胚発生11日目（E11）のマウス胚からの核の空間解析
E11マウス胚由来の25 µm組織切片をTrekkerタイル（10 mm x 10 mm）に供し、57,545個の核の空間解析を行った。
(A) Trekkerを使用した核の空間マップ。各点は単一の核を示す
(B) 隣接する組織切片のH&E染色画像
(C) ST-Align（画像と遺伝子発現を結びつけるツール）によるH&E画像とTrekker空間マップの重ね合わせ画像
(D) シングルセル解析から得られたUMAP。各点は図Aの点に1対1に対応
(E) 5種類の遺伝子（Gm3764、Rtn1、Cpox、Dnm3os、Gata3）に関する空間上の発現パターン画像

オプション

■空間マルチオーム解析
Trekker技術をシングルセルマルチオーム解析（ATAC＋Gene Expression）と組み合わせることで、空間シングルセルマルチオーム解析が可能です。通常のシングルセルマルチオーム解析に空間的な情報を加えた、シングルセル単位のオープンクロマチン解析および遺伝子発現解析のデータを納品いたします。

■チラシをご覧ください。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq）
• 解析データ（シングルセル解析結果＋空間マップ結果等）　一式

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 空間トランスクリプトーム解析(Trekker/Seeker）発注依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・臨床検体の場合、検体送付前に必ず情報提供用紙をご送付ください。弊社より臨床検体専用の輸送箱をご案内いたします。
  ・検体ならびに依頼書を下記送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

●凍結組織
　※準備・送付方法については事前にご相談ください。

上記以外の検体の場合、別途ご相談ください。

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

・解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。