空間トランスクリプトーム解析（Trekker）

Slide-seq v2技術を用いた「空間トランスクリプトーム解析（Seeker）」はこちら

• 1つの組織からシングル核解析データと空間情報を同時に取得
• セルセグメンテーションを必要としない真のシングルセル空間解析を実現
• 従来の空間解析を上回る細胞当たりの検出遺伝子数
• シングルセルマルチオーム解析（ATAC＋Gene Expression）と組み合わせることで、空間エピマルチオーム解析を実現
• 解析対象は真核生物一般
• ヒト・マウスはFFPE検体にも対応

＊Trekker原理の詳細は、使用文献・参考文献をご参照ください。

Trekker技術により空間情報をもったDNAバーコードを細胞核に吸着させます。その後、核を取り出してシングルセル（核）解析用のライブラリーを作製しシーケンスを実施します。
専用の解析ソフトを使ってデータを処理することで、「どこの細胞でどんな遺伝子が発現しているか」を示す高精度な空間遺伝子発現マップを作成します。
この方法では、直接核に位置情報を付与するため、従来の空間解析で必要だったセルセグメンテーションが不要です。その結果、真のシングルセル（核）空間解析が可能となりました。
※スライド作製など一部の作業は、提携先の病理会社に委託する場合があります。

■Trekker原理
シングルセル（核）解析工程の上流で位置情報配列をもったDNAバーコード（Spatial barcode）を直接、核に吸着させます。


＜Trekkerスライド上のビーズから切断された空間バーコードが核にタグ付けされるイメージ図＞


■解析例1（マウス胚）
マウス胚（E11）由来の新鮮凍結組織切片（厚さ25 µm）をTrekkerタイル（10 mm x 10 mm）に供し、約5.7万核の空間解析を行った。

(A) Trekker技術を用いて解析した空間遺伝子発現マップ（各点は単一の核を示す）
(B) 隣接する組織切片のH&E染色画像
(C) ST-Align（画像と遺伝子発現を結びつけるツール）による（A）と（B）の重ね合わせ画像
(D) シングルセル解析結果（UMAP）（各点は単一の核を示し、（A）の点に1対1対応）
(E) 5種類の遺伝子（Gm3764、Rtn1、Cpox、Dnm3os、Gata3）に関する空間上の発現パターン

■解析例2（マウス脳）
Trekker技術とIllumina Single Cell 3′ RNA Prepを統合することで、1検体あたり10万核以上の空間位置情報を取得した。細胞集団が明確に識別され、予想される空間的配置が維持されている。

(A) Trekker技術を用いて解析した空間遺伝子発現マップ
(B) シングルセル解析結果（UMAP）
※各点は単一の核を示し、（A）の点と（B）の点は1対1対応

■解析例３（ヒト扁桃組織）
ヒト扁桃組織由来のFFPE切片をTrekkerタイル（10 mm x 10 mm）に供し、得られたシングルセル空間解析結果に対して、ConcordexR toolを用いてニッチの同定を行った。

（左）細胞ニッチの同定結果
（中央）胚中心（Germinal center）周辺のニッチを拡大。ニッチ4が胚中心。
（右）各ニッチの細胞種類の割合。胚中心（ニッチ4）でGC B細胞の割合が多いことが示されている。


①GC B細胞は、胚中心内で②濾胞樹状細胞による選択を受け、その一部が③プラズマ細胞へ分化する。各マーカー遺伝子の発現をシングルセルTrekker空間解析で確認することができた。

■空間エピマルチオーム解析
Trekker技術をシングルセルマルチオーム解析（ATAC＋Gene Expression）と組み合わせることで、空間エピマルチオーム解析が可能です。通常のシングルセルマルチオーム解析に空間的な情報を加えた、シングルセル単位のオープンクロマチン解析および遺伝子発現解析のデータを納品いたします。

■チラシをご覧ください。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq）
• 解析データ（シングルセル解析結果＋空間マップ結果等）　一式

※お見積りをご用意いたしますので、事前にお問い合わせください。

• 検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
• 依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

• 空間トランスクリプトーム解析(Trekker/Seeker）発注依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・臨床検体の場合、検体送付前に必ず情報提供用紙をご送付ください。弊社より臨床検体専用の輸送箱をご案内いたします。
  ・検体ならびに依頼書を下記送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

*1 一部作業を提携先に再委託いたします。
*2 新鮮凍結組織は－150℃ドライシッパー、OCT包埋組織は－80℃での送付が推奨です。
*3 FFPEブロックを4℃で送付ください。FFPE切片スライドの場合、薄切後1か月以内に作業が必要なため、スケジュールをご相談ください。
*4 対象生物のリファレンス配列が情報解析に使用可能かを事前にご相談ください。

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

・解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。