NovaSeq 6000/MiSeqによる解析
物理的に数百baseに断片化したDNAからライブラリーを作製してフローセルに結合させ、Sequencing by Synthesis法による2色または4色蛍光検出により塩基配列を一挙に解析します。NovaSeq 6000 S4試薬の場合、1フローセルあたり約2,400 Gbase、および約160億リードの塩基配列データの取得が可能です。MiSeqの場合、最大9 Gbaseおよび3,000万リードの塩基配列データの取得が可能です。
PacBio Sequel IIによる解析
物理的に断片化した長鎖DNAからライブラリーを作製して、1分子リアルタイム（Single Molecule Real-Time; SMRT）DNAシーケンスを行います。長鎖の解析リード長を誇り、約50 kbのシーケンスデータを得ることが可能です（CLRモード）。約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です（CCSモード）。また、1分子を鋳型にシーケンスを行うため、増幅バイアスを無くすことができます。新規ゲノム配列解析だけでなく、スプライシングバリアントの検出目的としてcDNA配列解析などにも有効です。
＜機器の特長＞
＊1 ペアエンド解析を行います。
＊2 SMRTはSingle Molecule Real-Timeの略になります。
| NovaSeq 6000 （SP試薬使用） |
NovaSeq 6000 （S4試薬使用） |
MiSeq | PacBio Sequel II | |
|---|---|---|---|---|
| 1リード長 | 150 base | 150 base | 150/250/300 base | 約20,000 base～ |
| リード数 | 約6.6億リード （1レーンあたり）*1 |
約40億リード （1レーンあたり）*1 |
約3,000万リード （1ランあたり）*1 |
CCS 約150万リード （1セルあたり） |
| データ量 | 約100 Gbase （1レーンあたり）*1 |
約600 Gbase （1レーンあたり）*1 |
約4.5～9 Gbase （1ランあたり）*1 |
CLR 約100 Gbase CCS 約20 Gbase （1セルあたり） |
| 解析手法 | Sequencing by Synthesis法 | SMRT＊2 sequencing法 | ||
| 解析単位 | ・1レーンから | ・1レーンから ・相乗り |
・1ランから ・相乗り（細菌叢解析） |
・1セルから ・相乗り |
| アプリケーション例 | ・全ゲノムシーケンス解析 ・エクソーム解析 ・ゲノム変異解析 ・RNA-Seq解析 ・全ゲノムメチル化解析 |
・癌遺伝子などの変異解析 ・PCR産物のシーケンス ・細菌叢解析 |
・ゲノム配列解析 ・cDNA配列解析 ・Ampliconシーケンス |
|
＊2 SMRTはSingle Molecule Real-Timeの略になります。
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