物理的に数百baseに断片化したDNAからライブラリーを作製してフローセルに結合させ、Sequencing by Synthesis法による2色または4色蛍光検出により塩基配列を一挙に解析します。
- NovaSeq X 10B試薬の場合、1フローセルあたり約2,400 Gbase、および約160億リードの塩基配列データの取得が可能
- NextSeq 2000 P1試薬の場合、1ランあたり約48 Gbase、および1.6億リードの塩基配列データの取得が可能
PacBio Revioによる解析
物理的に断片化した長鎖DNAからライブラリーを作製して、1分子リアルタイム（Single Molecule Real-Time; SMRT）DNAシーケンスを行います。約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です（HiFi）。また、1分子を鋳型にシーケンスを行うため、増幅バイアスを無くすことができます。新規ゲノム配列解析だけでなく、スプライシングバリアントの検出目的としてcDNA配列解析などにも有効です。
機器の特長
| NovaSeq X Plus （10B試薬使用） |
NovaSeq X Plus （25B試薬使用） |
NextSeq 2000 （P1試薬使用） |
NextSeq 2000 （P4試薬使用） |
PacBio Revio | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1リード長 | 150 base | 150 base | 300 base | 24 base (Olink Reveal) |
15～20 kb |
| リード数 | 約20億リード （1レーンあたり）*1 |
約53億リード （1レーンあたり）*1 |
約1.6億リード （1ランあたり）*1 |
約14.4億リード （1ランあたり） |
HiFi 約600万～750万リード （1セルあたり） |
| データ量 | 約300 Gbase （1レーンあたり）*1 |
約800 Gbase （1レーンあたり）*1 |
約48 Gbase （1ランあたり）*1 |
約35 Gbase （1ランあたり） |
HiFi 約100 Gbase （1セルあたり） |
| 解析手法 | Sequencing by Synthesis法 | SMRT＊2 sequencing法 | |||
| 解析単位 | ・1レーンから ・相乗り |
・1レーンから ・相乗り |
・1ランから ・相乗り |
・1ランから | ・1セルから |
| アプリケーション例 | ・全ゲノムシーケンス解析 ・エクソーム解析 ・ゲノム変異解析 ・RNA-Seq解析 ・全ゲノムメチル化解析 |
・細菌叢解析 ・レパトア解析 |
・Olink Reveal | ・ゲノム配列解析 ・ロングリードRNA-Seq解析 |
|
＊2 SMRTはSingle Molecule Real-Timeの略になります。
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