次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析

RNA-seq解析

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TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 既知遺伝子の発現定量解析に
  • 未知の発現領域の同定と定量が可能
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出に

概要

次世代シーケンサーによるRNA-seq解析では、転写産物の発現定量化だけではなく、配列から新規転写産物や新規スプライスジャンクションを網羅的に探索することや、微量転写産物を検知することが期待されています。タカラバイオでは、HiSeqを用いたRNA解析が可能です。
■チラシをご覧ください。

相乗りシーケンス(NGS)解析

遺伝子発現解析受託サービス
遺伝子発現解析受託サービス

サービス内容

total RNAを提供いただきHiSeqを用いたWhole Transcriptome解析を行います。ヒト、マウス、ラットなどゲノム情報が充実している生物種については、膨大なデータから遺伝子発現量を推定する解析サービスもサポートしています。本解析では、エキソン間をまたぐリードやマルチヒットリードの取り扱いなどを工夫することにより、正確な遺伝子発現解析を可能にしています。新規遺伝子候補も抽出することが可能です。解析結果は、遺伝子および新規遺伝子領域毎の発現量(FPKM等)とリード数をまとめたファイル、UCSCゲノムブラウザのリード数表示用ファイルで納品いたします。
バリアント解析をご希望の方は、ペアエンドシーケンス解析により遺伝子モデル毎の発現量の算出を行います。またSplicing junctionごとの発現量をもとめるオプション解析もございます。

  • 作業の流れ
  • 配列情報、発現情報
    塩基配列およびそのクオリティ値、新規領域を含む遺伝子ごとの発現情報とそのリード数などを納品いたします。

    新規遺伝子発現解析例
    RNA-seq解析 新規遺伝子発現解析例
  • ビューワ
    遺伝子位置情報 (IGVによるマッピング情報閲覧)をご確認いただけます。
    ※ 情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。

    Mapping結果表示例(IGV)
    RNA-seq解析 Mapping結果表示例

    Splicing Junction結果表示例(IGV)
    RNA-seq解析 Splicing Junction結果表示例
【オプションサービス】
  • 細胞・組織からのRNA調製
  • Splicing Junction発現解析
    Splice variantごとの発現量を算出します。
  • Fusion Gene解析
    癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-seqの配列データから行います。
  • rRNA除去作業
    polyAの付与されていないRNAを解析する際に、totalRNAよりrRNAを予め除去します。
  • 微量RNA増幅作業
  • データマイニング
    各種統計検定による変動遺伝子抽出(群間比較、クラスタリング、パターン解析)、GOやパスウェイを解析による遺伝子機能解析など、実験デザイン・ご希望に応じた手法での解析を実施します。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 配列情報/発現情報データ、ビューワ表示用ファイル等

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 純度*2
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA*1 4 μg以上 200 ng/μl以上 1.6以上 2.0以上
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談*3

    *1 ヒト・ラット・マウス以外の生物種については8 μg以上のtotal RNAをご準備いただく場合がございます。 すでにpolyA RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    *2 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    *3 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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