RNA-Seq解析

• SMART-Seq mRNAの使用により微量RNAからでも解析可能で、通常RNA-Seq試薬では難しい、断片化RNAもレスキュー可能
• SMART-Seq Stranded Kitの使用により、FFPE由来など分解が進んだRNAの解析に対応可能
• スプライシングバリアントの検出にも対応

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オプション　検体調製

• 細胞ソーティング
  目的の細胞表面抗原に対する抗体等で細胞を染色後、高精度なセルソーターを用いて、細胞の分離・分取を行います。
• 細胞・組織からのRNA調製
• rRNA除去作業
  polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAをあらかじめ除去します。Human, mouse, rat, bacteriaに対応しています。
• グロビン除去作業
  ヒト全血由来のRNAより、グロビンmRNAの除去を行います。

オプション　情報解析（バイオインフォマティクス）

• 遺伝子発現量解析
  参照ゲノム配列にシーケンスリードをマッピングし、各遺伝子・transcriptの発現量を算出したファイル（Excel）を納品いたします。 価格は解析に使用する参照ゲノム配列によって変わりますので、お問い合わせください。
• クラウドデータマイニング（Expression Miner 2.0）
  クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。
• Virome（ウイルス叢）の網羅的解析
  ヒトRNA-Seqデータより、シーケンスデータに含まれるRNAウイルスを検出します。検出されるウイルス種は、ライブラリー作製手法に依存します。

短納期RNA-Seqの詳細についてはこちら

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式（fastq）
• 発現解析結果、マッピング結果ファイル等（遺伝子発現量解析をご依頼の場合）

• オンライン注文
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  生物種や検体種別によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ご注文方法については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
  ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
  　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。


• メール注文
  ・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 次世代シーケンス（NGS）解析　発注依頼書（Excel）
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申し込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・解析検体ならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記の検体送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
  ・詳細は下記をご確認ください。
  短納期RNA-Seq解析をご依頼の場合：送付キットを利用したRNA検体送付手順
  その他のRNA-Seqをご依頼の場合：RNA検体送付手順

• total RNAなど
  
  以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。
  

  	アプリケーション種類	RNA量	濃度（目安）	液量（目安）	純度
  					OD260/OD280	OD260/OD230
  total RNA	ｍRNA対象 SMART-Seq mRNA＋Nextera XT DNA Library Prep Kit	50 ng以上	1.7 ng/μl以上 100 ng/μl以下	30 μl以上	1.6以上
  	total RNA対象 SMART-Seq Stranded Kit	50 ng以上	3 ng/μl以上	17 μl以上
  組織・細胞		組織：～5 mg または 5～30 mg（目安）＊ 細胞：～105 cells または 105～5×106 cells（目安）＊

  ＊ 組織重量または細胞数によって使用する試薬が変わる場合がございますので、別途お問い合わせください。

  
  ・RNA検体はRNase free水に溶解してください。
  ・DNase処理を実施してください。
  ・検体調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
  ・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
  ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
  

• ご送付いただいたRNA検体はアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
• ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
  詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
• お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
• 解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。